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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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jamy1989

木虫 (小有名气)

[求助] EMSA相关,求助 已有2人参与


最近在做EMSA的竞争性实验,如图所示,从左到右。
1:1%BSA和标记DNA对照
2:蛋白和标记DNA
3:蛋白和标记DNA 另外加了50倍的竞争性DNA
4:蛋白和标记DNA,另外加了50倍的非竞争性DNA
请问第3条带子为什么变淡了,按道理有竞争性DNA上去后,标记的DNA不是应该有一部分跑在下面吗?有没有谁做过类似的实验?遇到类似的现象?怎么解释?
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qwdr
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
jamy1989: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-05-11 21:28:33
引用回帖:
6楼: Originally posted by jamy1989 at 2014-05-11 08:27:52
首先,谢谢你,你说的很有道理!你比较一下我那2,3,4号条带,它的宽细都差不多,应该不算弥散吧,蛋白浓度低时,条带就很宽,明显很散的样子,但这个好像就是亮度变淡了,会不会是加入竞争性DNA后,有一部分标记的 ...

我遇到的弥散,并不是说是宽度的变化,而是分布在泳道上下很大的范围,比如从free-probe到shift之间,因为在这种蛋白:核酸比例下,形成了很多中间状态的complex,分布在泳道大小不同的位置,导致信号显得丢失了。
至于是不是没有入孔,或者是不是这一管probe压根就给少了,这更多的是操作上面的问题,空说无凭了,你要自己control,实验需要重复。
7楼2014-05-11 14:18:16
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jamy1989(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-10 08:26:48
jamy1989: 金币+5, 有帮助 2014-05-10 14:00:43
这个还算常见。probe弥散了。你要做更细的比例梯度,寻找合适的点。

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-05-10 00:47:29
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
EMSA做起来很麻烦,建议采用DPI-ELISA

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-05-10 07:24:09
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jamy1989

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-05-10 00:47:29
这个还算常见。probe弥散了。你要做更细的比例梯度,寻找合适的点。

我做了蛋白浓度梯度的EMSA,在蛋白浓度低的时候是会出现探针弥散,蛋白浓度高时探针就不会弥散,上面这个图是用高浓度蛋白做的,3号条带只是变淡了,能算弥散吗?
qwdr
4楼2014-05-10 14:03:06
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