应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » EMSA相关，求助
41/1返回列表
查看: 2648  |  回复: 12
查看全部回帖 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

jamy1989

木虫 (小有名气)

[求助] EMSA相关，求助 已有2人参与


最近在做EMSA的竞争性实验，如图所示，从左到右。
1：1%BSA和标记DNA对照
2：蛋白和标记DNA
3：蛋白和标记DNA 另外加了50倍的竞争性DNA
4：蛋白和标记DNA，另外加了50倍的非竞争性DNA
请问第3条带子为什么变淡了，按道理有竞争性DNA上去后，标记的DNA不是应该有一部分跑在下面吗？有没有谁做过类似的实验？遇到类似的现象？怎么解释？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子生化实验经验积累 有用的东东

» 本帖@通知

@凌波丽 @biostar2009 @wizardfan

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
qwdr
1楼 2014-05-09 16:47:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jamy1989(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-10 08:26:48
jamy1989: 金币+5, ★有帮助 2014-05-10 14:00:43
这个还算常见。probe弥散了。你要做更细的比例梯度，寻找合适的点。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
2楼2014-05-10 00:47:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jamy1989: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-05-11 08:28:03
引用回帖:
4楼: Originally posted by jamy1989 at 2014-05-10 14:03:06
我做了蛋白浓度梯度的EMSA，在蛋白浓度低的时候是会出现探针弥散，蛋白浓度高时探针就不会弥散，上面这个图是用高浓度蛋白做的，3号条带只是变淡了，能算弥散吗？...

probe弥散反应了一种probe-protein的中间状态，还是那么多probe，但是分布在很大范围之后，就会显得很弱。EMSA做的就是protein-polynucleotide的比例关系，你蛋白浓度低的时候能出现弥散，提高了蛋白就好了，等于提高了蛋白：核酸比例，竞争的时候加入竞争probe，不就等于降低蛋白：核酸比例么？
赞一下 回复此楼
5楼2014-05-10 19:03:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
jamy1989: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-05-11 21:28:33
引用回帖:
6楼: Originally posted by jamy1989 at 2014-05-11 08:27:52
首先，谢谢你，你说的很有道理！你比较一下我那2,3,4号条带，它的宽细都差不多，应该不算弥散吧，蛋白浓度低时，条带就很宽，明显很散的样子，但这个好像就是亮度变淡了，会不会是加入竞争性DNA后，有一部分标记的 ...

我遇到的弥散，并不是说是宽度的变化，而是分布在泳道上下很大的范围，比如从free-probe到shift之间，因为在这种蛋白：核酸比例下，形成了很多中间状态的complex，分布在泳道大小不同的位置，导致信号显得丢失了。
至于是不是没有入孔，或者是不是这一管probe压根就给少了，这更多的是操作上面的问题，空说无凭了，你要自己control，实验需要重复。
赞一下 回复此楼
7楼2014-05-11 14:18:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jamy1989 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭