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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何发现新基因
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HOLLYHUI

金虫 (小有名气)

[求助] 如何发现新基因 已有3人参与

本人的研究方向是细菌降解木质素，课题组筛选出一株新菌能够降解木质素，已经对其进行了全基因组测序，并且数据已经整理好，但是如何在庞大的数据中发现参与木质素降解的新基因，求高手指点，万分感谢！
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回不去的曾经······
1楼 2014-05-06 21:49:53
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geminiooalh

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2014-05-13 13:40:27
最近也遇到这个问题。
大概查了下文献，不知道下面这些能不能实现这个目的：
1、既然有全基因组信息，那是不是可以通过基因注释，排除大部分不相关基因；
2、提取降解过程中细菌的RNA，通过real-time考察是否有表达差异，选择具有明显表达差异的序列加上之前基因注释的结果，排除不相关序列；
3、剩余序列信息，再通过常规克隆筛选到相应目的基因序列信息
以上仅为个人拙见，也希望有大神指点。谢谢
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2楼2014-05-13 13:17:18
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

建议做改菌株的突变体库，有表型了，再考察基因型

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2014-05-13 15:10:29
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zzyzeus

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

我的大体思路是做RNA-seq
来个全转录组测序，然后用相应的RNA片段数目表示其基因表达水平
与注释文件相比较，注释文件中已经注明基因了的座位有表达量不稀奇，但是没有注释的座位在你的实验中具有一定的表达水平可以反映这个是新基因
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4楼2014-05-13 20:37:07
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