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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » ds做药效团疑问
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倩430

铁虫 (小有名气)

[求助] ds做药效团疑问 已有2人参与

最近研究用ds做药效团遇到一系列的问题想请教：
1.用hiphop和hypogen时，化合物多样性方面二者有啥区别吗？教程说前者要求结构(骨架)多样性，后者是基于3D-QSAR的原理也需要骨架多样性吗？这个问题很重要，但是却不知道怎么选结构
2. hypogen的训练集需要定义参考分子，一般定义几个？
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1楼 2014-04-29 11:05:21
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倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by blue_cat at 2014-08-20 17:24:28
1.用hiphop和hypogen时，化合物多样性方面二者有啥区别吗？教程说前者要求结构(骨架)多样性，后者是基于3D-QSAR的原理也需要骨架多样性吗？这个问题很重要，但是却不知道怎么选结构

回答：这两个模块训练集分子都 ...

谢谢您的解答，但是金币好像只能给一个人，下次给您哦。嘿嘿
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5楼2014-08-20 20:45:43
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ygyxyz89

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
倩430: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 后者在教程里写着需要定义参考分子的 2014-08-20 20:44:48
HipHop 只需要4个左右活性最好的分子，骨架最好不一样。后者要至少三种结构的分子，要有活性梯度，每个骨架4-6各分子。

谁说hypogen要定义参考分子的，又不是对接...
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3楼2014-08-06 21:28:41
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blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

1.用hiphop和hypogen时，化合物多样性方面二者有啥区别吗？教程说前者要求结构(骨架)多样性，后者是基于3D-QSAR的原理也需要骨架多样性吗？这个问题很重要，但是却不知道怎么选结构

回答：这两个模块训练集分子都需要尽量多样性。
2. hypogen的训练集需要定义参考分子，一般定义几个？

答：最少16个，也不能太多，好像最多是32个。
赞一下(1人) 回复此楼
DS
4楼2014-08-20 17:24:28
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