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bxguang130

金虫 (小有名气)

[求助] 以靶酶结合腔设计并合成的小分子抑制剂,细胞水平活性很好,但该酶水平上很差,疑问

以靶酶结合腔设计并合成的小分子抑制剂,细胞水平活性很好,但酶水平上很差,疑问
设计并合成了一类小分子酶抑制剂,并做了DS,模拟结果还可以,现在该类化合物对多个肿瘤细胞系抑制效果都还不错,1微摩左右吧,但对多个该类激酶在酶水平上的抑制活性比较差,10微摩以上,推测也许作用了其他信号传导途径或未知靶酶。
请问熟悉分子模拟的朋友们,怎样能从少数的活性好的小分子化合物出发,找寻与之能选择性结合的靶酶?有没有已知的酶库进行化合物识别对接的手段或方法?若有,国内哪儿有?
相信做药化的朋友可能会经常碰到类似问题,希望大家踊跃发言,谢谢啦!

[ Last edited by ghcacj on 2011-8-12 at 10:35 ]
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nh13

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
bxguang130(金币+5): 对下步工作起到了导向作用 2011-08-11 20:03:02
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-11 20:54:51
http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/index.php 试试这个,反向对接的。
2楼2011-08-11 14:02:25
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nh13

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-11 20:54:41
还有这个程序也可以试试,http://bidd.nus.edu.sg/group/softwares/invdock.htm
都是在线的工具,上面是药物所开发的,下面是新国大的陈宇综老师开发的。
3楼2011-08-11 14:35:01
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bxguang130

金虫 (小有名气)

多谢!了解一下
4楼2011-08-11 14:47:58
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-16 20:32:27
也许是化合物溶解度的问题。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
5楼2011-08-13 08:20:09
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bxguang130

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by tjegg at 2011-08-13 08:20:09:
也许是化合物溶解度的问题。

化合物溶解性是不很好,细胞水平实验和酶水平实验溶解性应该具有一致性吧,都是配成同等浓度的DMSO溶液做的。
6楼2011-08-15 17:30:54
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blue_cat

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-09-04 15:06:03
给你提供几种方法进行参考
1、用反向对接,将与肿瘤相关的靶标下载下来,做一个反向对接,寻找可能的靶标;
2、做反向药效团筛选;
3、桑迪亚有一个老师叫杨家安,他开发的一套软件可以从活性化合物出发,来寻找与其结合的可能的靶标。
DS
7楼2011-09-03 13:21:19
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)

引用回帖:
1413727楼: Originally posted by blue_cat at 2011-09-03 13:21:19:
给你提供几种方法进行参考
1、用反向对接,将与肿瘤相关的靶标下载下来,做一个反向对接,寻找可能的靶标;
2、做反向药效团筛选;
3、桑迪亚有一个老师叫杨家安,他开发的一套软件可以从活性化合物出发,来寻 ...

请问杨家安老师那套软件的名字是什么?
8楼2012-05-14 10:05:19
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p53jun

铁虫 (小有名气)

上帝呀!高手云集。牛文章呼之欲出。某处有激酶IC50高通量测试系统不?
9楼2013-01-20 22:19:45
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