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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 以靶酶结合腔设计并合成的小分子抑制剂，细胞水平活性很好，但该酶水平上很差，疑问
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bxguang130

金虫 (小有名气)

[求助] 以靶酶结合腔设计并合成的小分子抑制剂，细胞水平活性很好，但该酶水平上很差，疑问

以靶酶结合腔设计并合成的小分子抑制剂，细胞水平活性很好，但酶水平上很差，疑问
设计并合成了一类小分子酶抑制剂，并做了DS，模拟结果还可以，现在该类化合物对多个肿瘤细胞系抑制效果都还不错，1微摩左右吧，但对多个该类激酶在酶水平上的抑制活性比较差，10微摩以上，推测也许作用了其他信号传导途径或未知靶酶。
请问熟悉分子模拟的朋友们，怎样能从少数的活性好的小分子化合物出发，找寻与之能选择性结合的靶酶？有没有已知的酶库进行化合物识别对接的手段或方法？若有，国内哪儿有？
相信做药化的朋友可能会经常碰到类似问题，希望大家踊跃发言，谢谢啦！

[ Last edited by ghcacj on 2011-8-12 at 10:35 ]
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1楼 2011-08-11 12:42:52
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nh13

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
bxguang130(金币+5): 对下步工作起到了导向作用 2011-08-11 20:03:02
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-11 20:54:51
http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/index.php 试试这个，反向对接的。
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2楼2011-08-11 14:02:25
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nh13

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-11 20:54:41
还有这个程序也可以试试，http://bidd.nus.edu.sg/group/softwares/invdock.htm
都是在线的工具，上面是药物所开发的，下面是新国大的陈宇综老师开发的。
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3楼2011-08-11 14:35:01
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bxguang130

金虫 (小有名气)
多谢！了解一下
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4楼2011-08-11 14:47:58
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-16 20:32:27
也许是化合物溶解度的问题。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2011-08-13 08:20:09
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bxguang130

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by tjegg at 2011-08-13 08:20:09:
也许是化合物溶解度的问题。

化合物溶解性是不很好，细胞水平实验和酶水平实验溶解性应该具有一致性吧，都是配成同等浓度的DMSO溶液做的。
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6楼2011-08-15 17:30:54
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blue_cat

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-09-04 15:06:03
给你提供几种方法进行参考
1、用反向对接，将与肿瘤相关的靶标下载下来，做一个反向对接，寻找可能的靶标；
2、做反向药效团筛选；
3、桑迪亚有一个老师叫杨家安，他开发的一套软件可以从活性化合物出发，来寻找与其结合的可能的靶标。
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DS
7楼2011-09-03 13:21:19
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NO.24Kobe

金虫 (小有名气)
引用回帖:
1413727楼: Originally posted by blue_cat at 2011-09-03 13:21:19:
给你提供几种方法进行参考
1、用反向对接，将与肿瘤相关的靶标下载下来，做一个反向对接，寻找可能的靶标；
2、做反向药效团筛选；
3、桑迪亚有一个老师叫杨家安，他开发的一套软件可以从活性化合物出发，来寻 ...

请问杨家安老师那套软件的名字是什么？
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8楼2012-05-14 10:05:19
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p53jun

铁虫 (小有名气)
上帝呀！高手云集。牛文章呼之欲出。某处有激酶IC50高通量测试系统不？
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9楼2013-01-20 22:19:45
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