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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » DNA重组 » 大家帮忙看下，这个拖带这么严重，但是视乎没有条带，什么情况？是不是加的量太大了？
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liuyil

银虫 (小有名气)

[求助] 大家帮忙看下，这个拖带这么严重，但是视乎没有条带，什么情况？是不是加的量太大了？ 已有1人参与

大家帮忙看下，这个拖带这么严重，但是视乎没有条带，什么情况？是不是加的量太大了？两边是一些随机连接的DNA片段，大小不一，大家出出注意！

大家帮忙看下，这个拖带这么严重，但是视乎没有条带，什么情况？是不是加的量太大了？
Administrator 2014-04-24 21hr 26min.jpg
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未来不知道会怎么样，做好当下最重要。
1楼 2014-04-25 09:40:27
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

biostar2009

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+5, 十分感谢提供应助 2014-04-25 14:00:27
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuyil at 2014-04-25 13:08:27
是的，就是让这些小片段随机连接，但是我想的结果应该是一条条的带，我就是想看下条带大小的分布，连接的效率这些，怎么会出现这种情况，想了一早上没想通，求教啊...

能不能出现ladder，还是smear，这取决于你的检测系统的分辨率，更取决于你的DNA单体的大小分布，且不谈还有单链和环状产物的问题。
你要是20-70，比如5bp间隔分布的，别说连接之后，你就是连接之前，用agarose gel，仍然还是smear。
一个smear的DNA群体，连接不可能100%的效率，最后还是一个smear
如果再算上分子内连接产生的环状产物，这个问题没法分析。
另外一个方面，你的样品干不干净，这个非常影响分辨率。
很多工具酶，都有很强的DNA亲和力，比如一些内切酶，碱性磷酸酶，我记得T4 DNA ligase好像也是，说明书一般会强调。这种情况反应产物必须酚抽去蛋白之后才有可能跑得开。

我想起你了，你就是问T4PNK的那个是吧？

如果你听我的建议，如果你真心想去评估连接效率，你应该用同位素检测，即T4 PNk标记的时候，先让同位素标记上一部分，再大量加入ATP，连接之后，用碱性磷酸酶处理，看同位素信号还可以保留多少。你这个体系肯定是多份连接的。很多末端会连到分子内部，抵抗碱性磷酸酶的作用。
很多连接酶的活性跟踪就是这样做的。
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7楼2014-04-25 13:35:24
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liuyil

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-25 06:38:42
。。。
好吧，当我白说一通。。。
版主，别再@我了...

不好意思，这个是我还没有看见你的回复的时候发的，太感谢你了
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未来不知道会怎么样，做好当下最重要。
10楼2014-04-25 13:54:49
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普通回帖

liuyil

银虫 (小有名气)
补充：这里面还有连接酶这些，连接后的产物，未纯化，只是想先跑个胶看下条带的分布，谢谢
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2楼2014-04-25 10:29:29
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liuyil

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuyil at 2014-04-25 03:29:29
补充：这里面还有连接酶这些，连接后的产物，未纯化，只是想先跑个胶看下条带的分布，谢谢

补充：连接体系中是一些长度在20-70 bp的DNA小片段，然后在T4 DNA连接酶的作用下进行连接，14 度，24 h，将连接产物直接跑1%的琼脂糖电泳，图就这样了，打下们帮忙分析下！
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3楼2014-04-25 11:54:44
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)
@天使托   @blackrose8089   @凌波丽   @cicelyzh   @biostar2009   帮忙解决一下
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植根于内心的修养；无需提醒的自觉；以约束为前提的自由；为别人着想的善良
4楼2014-04-25 12:46:05
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liuyil: 金币+5, ★有帮助 2014-04-25 13:09:04
liuyil: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2014-04-25 13:55:24
引用回帖:
4楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-04-25 12:46:05
天使托   blackrose8089   凌波丽   cicelyzh   biostar2009   帮忙解决一下

这很正常，你20～70bp的DNA，大家都可以首尾相连的话，肯定成这样，产物大小说不定服从正态分布。

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5楼2014-04-25 12:51:57
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liuyil

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-25 05:51:57
这很正常，你20～70bp的DNA，大家都可以首尾相连的话，肯定成这样，产物大小说不定服从正态分布。
...

是的，就是让这些小片段随机连接，但是我想的结果应该是一条条的带，我就是想看下条带大小的分布，连接的效率这些，怎么会出现这种情况，想了一早上没想通，求教啊
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6楼2014-04-25 13:08:27
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liuyil

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-25 05:51:57
这很正常，你20～70bp的DNA，大家都可以首尾相连的话，肯定成这样，产物大小说不定服从正态分布。
...

是不是片段太多了，大小太接近，所以连成一片，没法区分大小，所以成弥散状呢？其他的我想不出来了
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未来不知道会怎么样，做好当下最重要。
8楼2014-04-25 13:36:39
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liuyil at 2014-04-25 13:36:39
是不是片段太多了，大小太接近，所以连成一片，没法区分大小，所以成弥散状呢？其他的我想不出来了...

。。。
好吧，当我白说一通。。。
版主，别再@我了
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9楼2014-04-25 13:38:42
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