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伊天_1990

铜虫 (初入文坛)

[求助] 关于平板菌落菌种鉴定的问题 已有4人参与

我做的是海参肠道菌群组成实验,取了2份样品,1份是传统培养基培养的方法,1份是分子生物学方法。传统方法培养后,需要鉴定培养基菌落的菌种,想送去测序,但是我该怎么把它们从培养基取出来?菌落不重复地取,目的降低测序成本。

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啦啦啦
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xiaoamuchong

专家顾问 (职业作家)

科研工作者

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
设计培养基。先分离。再纯化。从培养基取出来的话是用接种环挑取。
曾经有人问我为什么要学微生物,我只是想离生命的本质更近一点。
2楼2014-04-22 17:54:57
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伊天_1990

铜虫 (初入文坛)

问题是12个平板不能都挑取,有重复的菌落.主要是怎么选择?而且要有代表性。

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啦啦啦
3楼2014-04-22 20:44:53
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伊天_1990

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xiaoamuchong at 2014-04-22 17:54:57
设计培养基。先分离。再纯化。从培养基取出来的话是用接种环挑取。

问题是12个平板不能都挑取,有重复的菌落.主要是怎么选择?而且要有代表性。

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啦啦啦
4楼2014-04-22 20:46:00
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well_想太多

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
既然是菌群肯定是要先分离纯化的,得到单菌落,可以从外观观察区分不同的菌种,然后挑取单菌落pcr,,你说的不重复鉴定的话,可以先用显微镜区分一下
5楼2014-04-22 23:00:14
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xiaoamuchong

专家顾问 (职业作家)

科研工作者

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
伊天_1990: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢,已经解决了。 2014-04-24 14:06:35
引用回帖:
4楼: Originally posted by 伊天_1990 at 2014-04-22 20:46:00
问题是12个平板不能都挑取,有重复的菌落.主要是怎么选择?而且要有代表性。
...

原来是这样。主要有弧菌、假单胞菌、(节、棒状、不动、黄、柄)杆菌、放线菌、微球菌、奈瑟菌这么几种。其中弧菌属、假单胞菌属占大多数。希望可以帮到你。
曾经有人问我为什么要学微生物,我只是想离生命的本质更近一点。
6楼2014-04-22 23:09:40
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
首先,既然你已经做了分子鉴定,那么鉴定纯培养意义就不大了

其次,如果你是要筛选特定功能的微生物,那么根据你的筛选模型来搞!

最后,如果你真要这么搞,为了降低测序成本,你把每个菌都挑出来,做16S rDNA-RFLP,根据分型的结果分组,然后每组送一个去测序
致良知
7楼2014-04-22 23:38:32
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伊天_1990

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by quiller2000 at 2014-04-22 23:38:32
首先,既然你已经做了分子鉴定,那么鉴定纯培养意义就不大了

其次,如果你是要筛选特定功能的微生物,那么根据你的筛选模型来搞!

最后,如果你真要这么搞,为了降低测序成本,你把每个菌都挑出来,做16S rDN ...

主要还是从平板上取的问题,因为平板上菌落数10-1000不等,面对12个平板,有的板子菌落少,形态大比较好区分,可以挑取不同菌落,但有的菌落数目大,形态基本单一,差异不明显,不好选择挑取,而且前面挑取的后面在挑取的话还想着尽量不要重复(重复多了,增加测序成本)。

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啦啦啦
8楼2014-04-23 07:29:45
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思恋是一种病

银虫 (小有名气)

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除了根据你的试验目的,设计好筛选培养基,筛选模型,先去掉一部分。好象没有好办法

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9楼2014-04-23 09:48:51
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