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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 农林 » 农林综合 » 关于土壤生物多样性检测的问题
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fzhrobin

木虫 (正式写手)

[交流] 关于土壤生物多样性检测的问题已有5人参与

想看下不同处理土壤中的微生物群落的多样性变化，现在都有哪些技术可用的？除了DGGE和高通量测序。
以前做过DGGE,但现在有人说过时了，不知道现在行情怎么样？
也不知道DGGE的文章能发表在什么水平的杂志上？
还有，高通量测序似乎很贵，是不是这个就可以发档次比较高的文章呢？
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1楼2014-04-22 15:13:49
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J_iee

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
木虫/panda: 金币+2, 感谢交流，欢迎常来农林版~ 2014-04-24 21:18:54
还有PLFA，就一个色谱然后鉴定，年代也久，但也可以发高水平文章。做了高通量还要看你怎么分析结果，才能发好点的文章。至于DGGE，个人觉得也挺好的，就是条件摸索起来麻烦点
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4楼2014-04-24 11:22:32
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nanjizhou91

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主做的DGGE能鉴定到细菌的种吗？另外，听一位师兄说，高通量只能鉴定到属，我也要做DGGE，来交流交流
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期望与虫虫们交流学术问题
2楼2014-04-22 18:36:14
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fzhrobin

木虫 (正式写手)
DGGE需要跑完胶切胶回收的，然后克隆测序，得到的片段只有两三百bp，想用这个鉴定到种，难
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3楼2014-04-23 10:15:49
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quiller2000

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
木虫/panda: 金币+10, 感谢虫友交流，说的非常好 2014-04-24 21:20:19
能不能发高水平的文章与实验设计和发现有关系，技术只是一个手段而已。
具体而言，DGGE和NGS都是评价遗传多样性，但是限于价格，不可能大量的做NGS除非自己有设备和试剂，而DGGE的分辨率低，一般一个泳道也就几十条带，但是在大量样品的平行比较中，可以挑选出差异的条带进行分析，可以在遗传多样性上做动态的评价和分析，也就是做群落动力学。

PLFA和BIOLOG ECO都可以算是代谢多样性，PLFA可以鉴定到大的种类，如细菌，真菌等等，优点是价格便宜，分辨率高，缺点是无法鉴定到种属，只能评价宏观变化。BIOLOG ECO是碳源利用多样性，这个在土壤微生物分析中意义其实很有限。

除此之外，遗传多样性上还有克隆文库，RFLP，FISH等等，差点儿忘记了，还有一个我个人觉得挺好的ARISA技术，价格便宜，分辨率高。

发文章和你采用的技术有关系，但是没有必然关系。关键是要有好的科学或者运用的价值，有核心的科学或者工程意义！
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fzhrobin
致良知
5楼2014-04-24 17:33:14
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