24小时热门版块排行榜    

查看: 1962  |  回复: 11

fzhrobin

木虫 (正式写手)

[交流] 关于土壤生物多样性检测的问题 已有5人参与

想看下不同处理土壤中的微生物群落的多样性变化,现在都有哪些技术可用的?除了DGGE和高通量测序。
以前做过DGGE,但现在有人说过时了,不知道现在行情怎么样?
也不知道DGGE的文章能发表在什么水平的杂志上?
还有,高通量测序似乎很贵,是不是这个就可以发档次比较高的文章呢?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

quiller2000

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
木虫/panda: 金币+10, 感谢虫友交流,说的非常好 2014-04-24 21:20:19
能不能发高水平的文章与实验设计和发现有关系,技术只是一个手段而已。
具体而言,DGGE和NGS都是评价遗传多样性,但是限于价格,不可能大量的做NGS除非自己有设备和试剂,而DGGE的分辨率低,一般一个泳道也就几十条带,但是在大量样品的平行比较中,可以挑选出差异的条带进行分析,可以在遗传多样性上做动态的评价和分析,也就是做群落动力学。

PLFA和BIOLOG ECO都可以算是代谢多样性,PLFA可以鉴定到大的种类,如细菌,真菌等等,优点是价格便宜,分辨率高,缺点是无法鉴定到种属,只能评价宏观变化。BIOLOG ECO是碳源利用多样性,这个在土壤微生物分析中意义其实很有限。

除此之外,遗传多样性上还有克隆文库,RFLP,FISH等等,差点儿忘记了,还有一个我个人觉得挺好的ARISA技术,价格便宜,分辨率高。

发文章和你采用的技术有关系,但是没有必然关系。关键是要有好的科学或者运用的价值,有核心的科学或者工程意义!

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

致良知
5楼2014-04-24 17:33:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

nanjizhou91

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主做的DGGE能鉴定到细菌的种吗?另外,听一位师兄说,高通量只能鉴定到属,我也要做DGGE,来交流交流
期望与虫虫们交流学术问题
2楼2014-04-22 18:36:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fzhrobin

木虫 (正式写手)

DGGE需要跑完胶切胶回收的,然后克隆测序,得到的片段只有两三百bp,想用这个鉴定到种,难
3楼2014-04-23 10:15:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J_iee

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
木虫/panda: 金币+2, 感谢交流,欢迎常来农林版~ 2014-04-24 21:18:54
还有PLFA,就一个色谱然后鉴定,年代也久,但也可以发高水平文章。做了高通量还要看你怎么分析结果,才能发好点的文章。至于DGGE,个人觉得也挺好的,就是条件摸索起来麻烦点
4楼2014-04-24 11:22:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nanjizhou91

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fzhrobin at 2014-04-23 10:15:49
DGGE需要跑完胶切胶回收的,然后克隆测序,得到的片段只有两三百bp,想用这个鉴定到种,难

6楼2014-04-28 21:05:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nanjizhou91

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
对了,联系了几个公司,样品多的话用高通量价格还是比较划算的
期望与虫虫们交流学术问题
7楼2014-04-28 21:08:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fzhrobin

木虫 (正式写手)

那么有没有做DGGE比较便宜的公司呢?求推荐
8楼2014-04-29 08:52:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梧桐眼

金虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
DGGE 高通量 都只是方法不是用来高级方法就能发高水平。 要看实验设计和结果了!
9楼2014-04-29 09:06:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fzhrobin

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by quiller2000 at 2014-04-24 17:33:14
能不能发高水平的文章与实验设计和发现有关系,技术只是一个手段而已。
具体而言,DGGE和NGS都是评价遗传多样性,但是限于价格,不可能大量的做NGS除非自己有设备和试剂,而DGGE的分辨率低,一般一个泳道也就几十条 ...

请问ARISA哪个公司可以做?费用多少?
如果想做土壤中微生物菌群多样性变化,用ARISA好还是DGGE更好?那个目前更流行?公认性更强?主要是发文章方面

谢谢
10楼2014-04-29 09:08:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fzhrobin 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0856材料求调剂 +10 hyf hyf hyf 2026-02-28 11/550 2026-02-28 18:50 by 无际的草原
[考研] 311求调剂 +7 南迦720 2026-02-28 7/350 2026-02-28 18:28 by leonnulll
[考研] 材料学调剂 +4 提神豆沙包 2026-02-28 4/200 2026-02-28 18:26 by houyaoxu
[考研] 高分子化学与物理调剂 +4 好好好1233 2026-02-28 5/250 2026-02-28 18:20 by liqiongjy
[教师之家] 版面费该交吗 +15 苹果在哪里 2026-02-22 18/900 2026-02-28 18:20 by mibaomingg
[考研] 285求调剂 +5 满头大汗的学生 2026-02-28 5/250 2026-02-28 18:10 by 材料专硕调剂;
[考研] 材料类求调剂 +4 wana_kiko 2026-02-28 4/200 2026-02-28 18:08 by djennjx
[考研] 材料调剂 +3 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 3/150 2026-02-28 18:06 by houyaoxu
[考研] 276求调剂 +3 路lyh123 2026-02-28 3/150 2026-02-28 18:02 by houyaoxu
[考研] 求调剂 +3 repeatt?t 2026-02-28 3/150 2026-02-28 18:00 by houyaoxu
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +5 吃宵夜1 2026-02-28 7/350 2026-02-28 17:57 by njzyff
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
[考博] 26申博 +3 想申博! 2026-02-26 3/150 2026-02-28 16:07 by nxgogo
[考研] 寻找调剂 +3 LYidhsjabdj 2026-02-28 3/150 2026-02-28 12:59 by miniwendy
[考研] 304求调剂 +5 曼殊2266 2026-02-28 6/300 2026-02-28 12:44 by 迷糊CCPs
[硕博家园] 博士自荐 +6 科研狗111 2026-02-26 9/450 2026-02-28 12:32 by seaskyy
[考研] 272求调剂 +3 田智友 2026-02-28 3/150 2026-02-28 12:31 by 王加浩to
[考研] 298求调剂 +4 axyz3 2026-02-28 4/200 2026-02-28 11:21 by wang_dand
[基金申请] 什么是人一生最重要的? +10 瞬息宇宙 2026-02-21 10/500 2026-02-27 08:46 by tfang
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
请填处理意见