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fzhrobin

木虫 (正式写手)

[交流] 关于土壤生物多样性检测的问题 已有5人参与

想看下不同处理土壤中的微生物群落的多样性变化,现在都有哪些技术可用的?除了DGGE和高通量测序。
以前做过DGGE,但现在有人说过时了,不知道现在行情怎么样?
也不知道DGGE的文章能发表在什么水平的杂志上?
还有,高通量测序似乎很贵,是不是这个就可以发档次比较高的文章呢?
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quiller2000

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
木虫/panda: 金币+10, 感谢虫友交流,说的非常好 2014-04-24 21:20:19
能不能发高水平的文章与实验设计和发现有关系,技术只是一个手段而已。
具体而言,DGGE和NGS都是评价遗传多样性,但是限于价格,不可能大量的做NGS除非自己有设备和试剂,而DGGE的分辨率低,一般一个泳道也就几十条带,但是在大量样品的平行比较中,可以挑选出差异的条带进行分析,可以在遗传多样性上做动态的评价和分析,也就是做群落动力学。

PLFA和BIOLOG ECO都可以算是代谢多样性,PLFA可以鉴定到大的种类,如细菌,真菌等等,优点是价格便宜,分辨率高,缺点是无法鉴定到种属,只能评价宏观变化。BIOLOG ECO是碳源利用多样性,这个在土壤微生物分析中意义其实很有限。

除此之外,遗传多样性上还有克隆文库,RFLP,FISH等等,差点儿忘记了,还有一个我个人觉得挺好的ARISA技术,价格便宜,分辨率高。

发文章和你采用的技术有关系,但是没有必然关系。关键是要有好的科学或者运用的价值,有核心的科学或者工程意义!

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致良知
5楼2014-04-24 17:33:14
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普通回帖

nanjizhou91

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主做的DGGE能鉴定到细菌的种吗?另外,听一位师兄说,高通量只能鉴定到属,我也要做DGGE,来交流交流
期望与虫虫们交流学术问题
2楼2014-04-22 18:36:14
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fzhrobin

木虫 (正式写手)

DGGE需要跑完胶切胶回收的,然后克隆测序,得到的片段只有两三百bp,想用这个鉴定到种,难
3楼2014-04-23 10:15:49
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J_iee

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
木虫/panda: 金币+2, 感谢交流,欢迎常来农林版~ 2014-04-24 21:18:54
还有PLFA,就一个色谱然后鉴定,年代也久,但也可以发高水平文章。做了高通量还要看你怎么分析结果,才能发好点的文章。至于DGGE,个人觉得也挺好的,就是条件摸索起来麻烦点
4楼2014-04-24 11:22:32
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nanjizhou91

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fzhrobin at 2014-04-23 10:15:49
DGGE需要跑完胶切胶回收的,然后克隆测序,得到的片段只有两三百bp,想用这个鉴定到种,难

6楼2014-04-28 21:05:39
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nanjizhou91

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
对了,联系了几个公司,样品多的话用高通量价格还是比较划算的
期望与虫虫们交流学术问题
7楼2014-04-28 21:08:29
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fzhrobin

木虫 (正式写手)

那么有没有做DGGE比较便宜的公司呢?求推荐
8楼2014-04-29 08:52:05
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梧桐眼

金虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
DGGE 高通量 都只是方法不是用来高级方法就能发高水平。 要看实验设计和结果了!
9楼2014-04-29 09:06:42
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fzhrobin

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by quiller2000 at 2014-04-24 17:33:14
能不能发高水平的文章与实验设计和发现有关系,技术只是一个手段而已。
具体而言,DGGE和NGS都是评价遗传多样性,但是限于价格,不可能大量的做NGS除非自己有设备和试剂,而DGGE的分辨率低,一般一个泳道也就几十条 ...

请问ARISA哪个公司可以做?费用多少?
如果想做土壤中微生物菌群多样性变化,用ARISA好还是DGGE更好?那个目前更流行?公认性更强?主要是发文章方面

谢谢
10楼2014-04-29 09:08:31
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