| 查看: 1115 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
feidianmaomao木虫 (小有名气)
|
[求助]
在win7下用autodock4进行分子对接出现的一些奇怪现象 已有2人参与
|
|
|
由于本人初学autodock，选了一个酶和几个化合物按百度上的操作说明进行模拟对接，结果发现一些问题，望高手们辅导解释，不甚感谢！ 1、同样的蛋白、同样的化合物、同样的格子大小、同样的dock参数，最后对接有时成功有时失败，结果通过重启电脑后什么都不做就只运行autodock就能对接成功。 2、在上述成功的条件下，做下一个化合物时还是要重启电脑再算，这种状态令人很崩溃啊。 3、在多次失败的情况下发现一些情况，就是AutoDockTools界面的右下侧Time值和左下侧的FR值，以及Autodock Process Manager界面里的一个数值每次都不一样，能否通过这些值判定该次对接能否成功呢？目前掌握的规律是Autodock Process Manager界面里的数值较小时成功率要高，但不知道它是怎么产生的，同样的条件下重启电脑后它就会变小，但电脑打开其它软件，干了其它活，再用autodock4进行对接，该值就会变大，失败率提高，令人无语。 4、对接失败时，在论坛寻找解决方案时，发现有人提到grid size的设置即65,65,65，要设成63,63,63，这个具体在哪里设置，在autodock4里实在是没找到，望解答。 |
回复此楼» 猜你喜欢
散金币祈福
已经有186人回复
-
求助，如何提取ELK的rt-TDDFT在某一时刻的自旋密度分布和电子密度分布
已经有1人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有136人回复
-
澳门大学IAPME李海峰教授常年招收博士研究生
已经有0人回复
-
澳门大学IAPME李海峰教授常年招收博士研究生
已经有0人回复
-
澳门大学IAPME李海峰教授常年招收博士研究生
已经有0人回复
-
深圳大学应用技术学院招聘凝聚态物理博士后
已经有112人回复
-
深圳大学2027级光电信息工程/物理学研究生推免
已经有69人回复
-
求助中医院临床中医中标的青年标书学习，谢谢
已经有4人回复
-
浙大物院表面物理课题组长期招收普博及直博学生
已经有257人回复
-
【征稿】Springer Nature热电专题 Discover Materials / Discover Chemistry
已经有39人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- autodock对接的氢键
已经有7人回复
- autodock柔性对接
已经有5人回复
- Autodock对接构象准确性的评价——RMSD
已经有10人回复
- 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
已经有14人回复
- linux下的autodock在run autodock时不出现dlg文件
已经有8人回复
- autodock对接时蛋白的处理问题
已经有6人回复
- 配体结构中有B原子，怎么用autodock做对接？
已经有8人回复
- autodock4 can't create log file C:\Program Files\MGLTools 1.5.4\WORK\p?.dlg
已经有6人回复
- 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
已经有6人回复
- 使用autodock4.2处理分子对接问题，在run autogrid时总是出错，请各位高人指点啊？？
已经有10人回复
- AUTODOCK对接步骤求助(附图）
已经有7人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- Autodock对接构象有问题，请教
已经有7人回复
- 【求助】win7下安装AUTODOCK出现问题，求帮助(附截图）
已经有17人回复
- 【求助】autodock4 安装问题
已经有9人回复
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步无法对接,弄了几天!
已经有7人回复
- 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢
已经有12人回复
- 【求助】求助autodock4安装xp下需要何种电脑配置
已经有8人回复
4楼2017-03-02 21:54:07
2楼2014-05-16 22:48:48
zhang360
新虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1012.3
- 红花: 3
- 帖子: 687
- 在线: 82.6小时
- 虫号: 2968599
- 注册: 2014-02-14
- 专业: 中药药效物质
3楼2016-07-09 16:59:04
