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feidianmaomao木虫 (小有名气)
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在win7下用autodock4进行分子对接出现的一些奇怪现象 已有2人参与
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由于本人初学autodock，选了一个酶和几个化合物按百度上的操作说明进行模拟对接，结果发现一些问题，望高手们辅导解释，不甚感谢！ 1、同样的蛋白、同样的化合物、同样的格子大小、同样的dock参数，最后对接有时成功有时失败，结果通过重启电脑后什么都不做就只运行autodock就能对接成功。 2、在上述成功的条件下，做下一个化合物时还是要重启电脑再算，这种状态令人很崩溃啊。 3、在多次失败的情况下发现一些情况，就是AutoDockTools界面的右下侧Time值和左下侧的FR值，以及Autodock Process Manager界面里的一个数值每次都不一样，能否通过这些值判定该次对接能否成功呢？目前掌握的规律是Autodock Process Manager界面里的数值较小时成功率要高，但不知道它是怎么产生的，同样的条件下重启电脑后它就会变小，但电脑打开其它软件，干了其它活，再用autodock4进行对接，该值就会变大，失败率提高，令人无语。 4、对接失败时，在论坛寻找解决方案时，发现有人提到grid size的设置即65,65,65，要设成63,63,63，这个具体在哪里设置，在autodock4里实在是没找到，望解答。 |
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2楼2014-05-16 22:48:48
zhang360
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