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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 用vasp优化Ni2团簇出现的问题！
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

[求助] 用vasp优化Ni2团簇出现的问题！已有1人参与

各位前辈，大家好：
最近用vasp优化Ni2团簇，将Ni2放到边长为13的立方体盒子中，Ni，Ni 键长为2.42，KPOINTS，gamma下的kmesh不知道取多少，
Automatic generation
Gamma
-     -    -
0.0 0.0 0.0
于是就分别取2到13进行KPOINTS的收敛性测试，取到9还正常，但没有收敛，但从10开始，机器计算出现异常，如下：--------------------------------------------------------
  JOBID: 46876.cn061
  The job was started at Thu Mar 27 11:48:27 CST 2014
  The job was running at cn012.
k mesh = 10 x 10 x 10
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  Ni
POSCAR found :  1 types and       2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
WAVECAR not read
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 16304 on node cn012 exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------

real        1m4.034s
user        0m14.805s
sys        0m11.433s
k mesh = 11 x 11 x 11
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  Ni
POSCAR found :  1 types and       2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
WAVECAR not read
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 16324 on node cn012 exited on signal 9 (Killed).
。。。
这是怎么回事？望高手指导，感激不尽！
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@jpchou

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好好研究，天天向上！
1楼2014-03-28 18:28:27
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小小鑫000: 金币+5 2014-03-28 20:15:53
你的错误原因 是内存不足
KPOINTS应该为  
Automatic generation
Gamma
1 1 1
0.0 0.0 0.0

你取的K点密度太高了！
赞一下 回复此楼
2楼2014-03-28 19:56:19
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小小鑫000: 金币+5 2014-03-29 10:25:48
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-28 20:19:09
前辈，那意思就是说所有大小团簇优化，都是kpoint下的gamma都取111.不需要进行收敛性测试？
...

是的   因为你的box边长取的很大 仅需gamma点即可
赞一下 回复此楼
5楼2014-03-28 21:18:37
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-29 10:43:42
谢谢前辈，我gamma下取111，进行encut的收敛性测试，结果机器运算出现异常，如下:
JOBID: 47025.cn061
  The job was started at Fri Mar 28 22:36:03 CST 2014
  The job was running at cn012.
ENCUT = 350  ...

ISMEAR取0 不要用-5
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7楼2014-03-29 16:22:49
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小小鑫000: 金币+3 2014-03-30 16:56:28
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-29 22:06:53
那前辈，为什么不能取-5.静态计算不是都取-5吗？取0的话，sigmar取多少呀？谢谢前辈了！
...

你的错误不是提示说 Tetrahedron method fails for NKPT<4. NKPT =       1
1个k点不能用Tetrahedron method
你应该仔细看看manual ismear那一项的介绍 上面写的很清楚
赞一下 回复此楼
9楼2014-03-30 12:52:56
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 11:44:36
前辈，盒子只能取成立方体的吗，取成长方体的行不行？...

可以
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11楼2014-04-01 12:11:47
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小小鑫000: 金币+2 2014-04-01 16:14:25
引用回帖:
12楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 12:46:49
谢谢前辈，我现在还有一个疑问就是我已在ms中建立了Au13的团簇，文献中对它所要放的盒子是这样描述的，placed in the same periodic box used to set up the supercell used for the TiO2 support。而建立的TiO2模 ...

只要你的cubic box取得合理（足够大），Au13放在你说的两种情况下 计算出来的能量应该差不多（误差可以接受的）
赞一下 回复此楼
13楼2014-04-01 15:19:29
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小小鑫000: 金币+3 2014-04-01 18:06:51
引用回帖:
14楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 17:04:26
前辈，我一直有个问题很困惑，就是放团簇的盒子应该取合适的边长，但我不知道这个边长究竟怎样取，听说放的原则是避免团簇之间的相互作用，但我真是不理解这话的意思，我知道盒子是具有周期性的，但是团簇之间隔多 ...

“团簇之间隔多远就没相互作用了”  具体的视情况而定，for instance cluster大小会影响box的大小， 你的Au13按照我的感觉15A 的距离应该可以的，但好像计算量有点大喔！
我在jacs上看到很多ClusterAu/TiO2的理论计算工作，你可以搜一下相关的文章，上面有对模型的详细阐述。另外，也有碰到过文章不考虑cluster-cluster interaction（就是两个周期的中的cluster相距非常近<5埃），这个感觉跟研究对象或侧重点有关。 但我个人还是认为  计算能力允许前提下， cluster-cluster尽可能的远。
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15楼2014-04-01 17:59:28
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 18:32:57
团簇之间的距离，指的是什么，我还是不太清楚，下面是我在wps做了个简单的图来描述，我的理解，前辈帮我看看对不对？假定圆圈表示团簇，团簇是在盒子中心的，连接两个圆圈也就是团簇之间的线的长度是不是就是团簇的 ...

yes
17楼2014-04-01 18:41:15
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