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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 用vasp优化CO结构，机器不算，不知道哪出错了？高手来帮帮我！
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

[求助] 用vasp优化CO结构，机器不算，不知道哪出错了？高手来帮帮我！ 已有3人参与

各位前辈，大家好：
我想用vasp优化CO的结构，结果机器不算，我把我的结果贴出来，希望高手来看看到底是哪里出错了？
JOBID: 43569.cn061
  The job was started at Wed Jan 22 13:30:29 CST 2014
  The job was running at cn015.
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  C  O
POSCAR found :  2 types and       2 ions
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /data/tmp/lhkang/43569.cn061/POTCAR
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               0000000001138CB7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000001136FF2  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000001102554  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010C94E0  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010C9130  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010E956A  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010E8B8F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000050C1CB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000446641  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000044418A  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003BFA01D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004440B1  Unknown               Unknown  Unknown
--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 2 with PID 14351 on
node cn015 exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /data/tmp/lhkang/43569.cn061/POTCAR
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               0000000001138CB7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000001136FF2  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000001102554  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010C94E0  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010C9130  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010E956A  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010E8B8F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000050C1CB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000446641  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000044418A  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003BFA01D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004440B1  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /data/tmp/lhkang/43569.cn061/POTCAR
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               0000000001138CB7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000001136FF2  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000001102554  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010C94E0  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010C9130  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010E956A  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010E8B8F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000050C1CB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000446641  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000044418A  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003BFA01D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004440B1  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /data/tmp/lhkang/43569.cn061/POTCAR
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               0000000001138CB7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000001136FF2  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000001102554  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010C94E0  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010C9130  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010E956A  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000010E8B8F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000050C1CB  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000446641  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000044418A  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003BFA01D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004440B1  Unknown               Unknown  Unknown
  The job was finished at Wed Jan 22 13:30:32 CST 2014
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1楼 2014-01-22 13:51:53
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jpchou

专家顾问 (著名写手)
???????:
3?: Originally posted by СС??000 at 2014-01-22 17:25:42
???POTCAR??????cat POTCAR.C POTCAR.O>POTCAR ??????C??O????POTCAR????????? ?????????????????????????????...

????????~???l?????????
??? error message
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /data/tmp/lhkang/43569.cn061/POTCAR
??????V??
vasp ?x POTCAR ?x???????~?e?????????
???? POTCAR.C or POTCAR.O ????????}
??????N??N???????}?l??~~
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4楼2014-01-22 17:34:04
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-01-23 11:47:51
谢谢前辈的指导，但我将POSCAR按你的改了，还是不行，不知道怎么回事？...

附件里四个文件，我已测试过，没有问题。
其实，INCAR、KPOINTS是你贴在上面的，没有改动。POSCAR重写了一下，略作修改，也是上面贴的那个POSCAR，POTCAR只要把两种元素的POTCAR按次序合在一起就可以了。
如果还有问题，就要考虑你的vasp程序编译的问题了。
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  • 附件 1 : vasp-test.rar
    • 2014-01-23 11:56:05, 91.53 K
9楼2014-01-23 12:00:39
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-01-23 18:06:37
我刚用你的POTCAR（PBE），其他的输入文件用我的，还是算不出结果！我估计是我的这个服务器算这个和PBE不相容吧，以前用PBE也没出现这样的问题，真是很奇怪，还是真要谢谢前辈的耐心帮忙，对了前辈知道H-H键的实验 ...

H2:  0.74144Å   测定方法：UV
参考 CRC Handbook of Chemistry and Physics
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17楼2014-01-23 22:10:06
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乘风万里

木虫 (小有名气)
之前那个赝势最后空了一行，导致两个赝势文件用cat合并时，中间有空行（ End of Dataset 后应该紧跟着 PAW_PBE 这行），所以VASP没识别出来。去掉空行，再合并就没问题了。
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29楼2019-06-24 17:24:02
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普通回帖

jpchou

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小小鑫000: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-01-22 17:20:38
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /data/tmp/lhkang/43569.cn061/POTCAR

POTCAR 有問題
可能是損毀或是什麼的..
簡查看看
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2楼2014-01-22 14:20:34
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jpchou at 2014-01-22 14:20:34
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /data/tmp/lhkang/43569.cn061/POTCAR

POTCAR 有問題
可能是損毀或是什麼的..
簡查看看

我的POTCAR是利用cat POTCAR.C POTCAR.O>POTCAR 命令分别将C和O两个POTCAR合并起来的 ，难道这样合并不对吗？还望前辈指导！
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好好研究，天天向上！
3楼2014-01-22 17:25:42
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jpchou at 2014-01-22 17:34:04
指令是對的~但發生啥事不曉得
因為 error message
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /data/tmp/lhkang/43569.cn061/POTCAR
就是告訴你
vasp 讀 POTCAR 讀的很辛苦~裡面的內 ...

我已反复检查了我的POTCAR，没有问题呀，我想是不是其他的输入文件有误，造成了跟POTCAR不配，我把我的其他三个文件贴出来。
POSCAR：
CO file
1.0
        8.0000000000         0.0000000000         0.0000000000
        0.0000000000         8.0000000000         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000         8.0000000000
    C    O
    1    1
Direct
     0.000000000         0.000000000         0.000000000
     0.000000000         0.000000000         0.141039997
INCAR：
SYSTEM = CO
ENCUT = 520
ISTART = 0; ICHARG = 2
ISMEAR = 1; SIGMA = 0.1
NSW = 60; IBRION = 2
ISIF = 2
POTIM = 0.2
EDIFF = 1E-6; EDIFFG = -1E-3
PREC = Accurate
KPOINTS：
Gamma-point only
1        
rec      
0 0 0 1  
求前辈帮我仔细看一下这三个文件设置的是否合理？
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5楼2014-01-23 09:15:56
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小小鑫000: 金币+3, ★有帮助 2014-01-23 11:29:15
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-01-23 09:15:56
我已反复检查了我的POTCAR，没有问题呀，我想是不是其他的输入文件有误，造成了跟POTCAR不配，我把我的其他三个文件贴出来。
POSCAR：
CO file
1.0
        8.0000000000         0.0000000000         0.0000 ...

你把POSCAR改成下面的形式再试一下：
sys=CO
1.00     
8.50  0.00  0.00
0.00  8.30  0.00
0.00  0.00  8.00
  1  1
Selective dynamics
Direct
0.000  0.000  0.000  F  F  F
0.000  0.000  0.140  T  T  T
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6楼2014-01-23 11:01:34
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2014-01-23 11:01:34
你把POSCAR改成下面的形式再试一下：
sys=CO
1.00     
8.50  0.00  0.00
0.00  8.30  0.00
0.00  0.00  8.00
  1  1
Selective dynamics
Direct
0.000  0.000  0.000  F  F  F
0.000  0.000  0.140 ...

谢谢前辈的指导，但我将POSCAR按你的改了，还是不行，不知道怎么回事？
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好好研究，天天向上！
7楼2014-01-23 11:47:51
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-01-23 11:47:51
谢谢前辈的指导，但我将POSCAR按你的改了，还是不行，不知道怎么回事？...

我把四个文件发给你，你再看看，稍等
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8楼2014-01-23 11:52:07
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hakuna at 2014-01-23 11:52:07
我把四个文件发给你，你再看看，稍等...

这个是除电荷密度文件外的所有输入、输出文件，电荷密度文件比较大，没打在包内。
供参考

另：
你的INCAR文件需要加一项IDIPOL，因为沿Z方向有偶极矩，需要做一下校正
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  • 附件 1 : vasp-test.rar
    • 2014-01-23 12:08:05, 680.2 K
10楼2014-01-23 12:09:30
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