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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求助！没有CHGCAR和WAVECAR生成！以前都有的，到底出了什么毛病~
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jugengfans

金虫 (正式写手)

[求助] 求助！没有CHGCAR和WAVECAR生成！以前都有的，到底出了什么毛病~

我是用openpbs送任务的，以前一直好好的，这几天发现出了如下问题：
1. 做结构优化，离子步已经进行了几步了，但CHGCAR和WAVECAR的大小都为0K！
2. 以前送任务的时候 ，当任务运行时openpbs会在文件夹里产生两个文件。如vasp.o9715
vasp.e9715，一个存放输出文件，一个存放出错信息，现在这两个文件也找不着了！到底怎么了？
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1楼 2012-05-10 13:31:58
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回帖置顶 ( 共有1个 )

jugengfans

金虫 (正式写手)
jugengfans: 回帖置顶 2012-05-19 04:47:38
接近问题的根源了！继续求助！
Job id              Name             User            Time Use S Queue
------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
5922.node0          vasp             land                   0 Q batch   

我用openpbs送了个4个节点并行的任务上去，但是它跑都不跑。
是因为硬盘没空间了吧！以前也遇到过跑到一半任务莫名奇妙终止的现象，
而以前每次清理完硬盘空间，再送任务就好了。

但是奇怪的是，我df了一下
Filesystem           1K-blocks      Used Available Use% Mounted on
/dev/sda3            860878904 294891556 522257216  37% /
/dev/sda1               101086     13025     82842  14% /boot
none                   2020496         0   2020496   0% /dev/shm

还有522G的可用空间啊！为什么vasp算不了了呢！！救命！
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7楼2012-05-19 04:47:31
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

redsnowolf

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我的也是，pbs???交的作业，貌似任务资??需求??没那么高的??，???交核数过多就??算，比如我的???一个作业???交24核完全算??动，内存???用率???有0.1%，??增加核数也是一样，但如果改??16个核就跑起???了，而且很快～至于说离??弛豫一步???CHGCAR和WAVECAR大??为零的事儿，貌似vasp???在优化结????????写这两个文件，几何优化时CHGCAR文件存储的是最???一步弛豫结果对应的电???密度，和?????计算的是一样的，??过CONTCAR和CHG文件是??弛豫一步就写一次
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15楼2012-05-25 11:30:37
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普通回帖

王龙辉

禁言 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 应助指数-1, 违规存档, 非应助请不要点应助回帖 2012-05-10 14:08:44
本帖内容被屏蔽
2楼2012-05-10 13:54:23
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jugengfans

金虫 (正式写手)
顶一下
3楼2012-05-10 20:00:33
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xueht987

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227: 金币+1, 感谢交流提示 2012-05-11 09:02:05
jugengfans: 金币+1 2012-05-11 13:03:35
正常情况，没算完的情况下是有这种可能的。你可以等到算完了再看一下文件大小是否为零或者再等上一段时间查看一下，没算完的情况下文件是不完整的
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4楼2012-05-10 21:12:34
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jugengfans

金虫 (正式写手)
谢谢楼上，我说的是在结构优化中，离子步算完了并不保存chgcar。这样，如果断了电，我就没法读入WAVECAR和CHGCAR继续算了。
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5楼2012-05-11 13:04:19
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wangziyan3

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2012-05-14 20:15:44
jugengfans: 金币+1, 谢谢顶贴，这些东西不可能出错的，我用VASP也有几年了。 2012-05-14 23:51:38
检查INCAR中的LCHARG和LWAVE是不是都是TRUE
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6楼2012-05-14 17:25:50
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jugengfans

金虫 (正式写手)
顶贴，为什么明明有空间却不能用
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8楼2012-05-20 20:46:57
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jugengfans at 2012-05-20 20:46:57:
顶贴，为什么明明有空间却不能用

那vasp到底运行了没有？
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
9楼2012-05-21 08:22:05
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buct2010

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
贺仪: 金币+1, 专家考核, 谢谢指教！ 2012-05-21 22:58:39
jugengfans: 金币+3, ★有帮助, 问题是，这样岂不是突然断电的话无法接着算啦~ 2012-05-23 03:58:04
只有体系的能量达到设置精度后，计算要结束了（OSIZCAR 完全输出后），才会输出WAVECAR 和 CHGCAR。我是在计算的时候盯着看的，呵呵

OSIZCAR：

  43 F= -.22342121E+03 E0= -.22342121E+03  d E =-.309106E-03
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1    -0.223420932617E+03   -0.22342E+03   -0.16281E-01  6956   0.100E+00    0.639E-02
DAV:   2    -0.223421324122E+03   -0.39151E-03   -0.43524E-03  8248   0.191E-01    0.293E-02
DAV:   3    -0.223421322520E+03    0.16020E-05   -0.12404E-04  8200   0.357E-02    0.188E-02
DAV:   4    -0.223421319851E+03    0.26686E-05   -0.18298E-05  5388   0.261E-02

  44 F= -.22342132E+03 E0= -.22342132E+03  d E =-.107381E-03
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1    -0.223421321146E+03   -0.22342E+03   -0.21027E-03  7080   0.114E-01    0.985E-03
DAV:   2    -0.223421325022E+03   -0.38758E-05   -0.52967E-05  6924   0.225E-02

  45 F= -.22342133E+03 E0= -.22342133E+03  d E =-.112552E-03
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1    -0.223421280561E+03   -0.22342E+03   -0.34872E-02  7076   0.452E-01    0.296E-02
DAV:   2    -0.223421371945E+03   -0.91384E-04   -0.10095E-03  8216   0.886E-02    0.131E-02
DAV:   3    -0.223421373468E+03   -0.15229E-05   -0.26013E-05  5284   0.151E-02

  46 F= -.22342137E+03 E0= -.22342137E+03  d E =-.484466E-04
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10楼2012-05-21 17:28:34
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