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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian计算的随机性
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lpsdu

金虫 (著名写手)

[交流] Gaussian计算的随机性已有8人参与

同一个版本Gaussian软件，在三台不同的服务器上进行优化计算，同一个输入文件，前27步的能量完全一样，从28步后能量就开始不一样了，难道Gaussian计算也有随机性，请教各位高手是否也遇到类似的问题。
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1楼2011-05-05 17:41:29
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上
确实有点离谱啊
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前途光明，出路难觅！
2楼2011-05-05 17:47:35
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
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gmy1990(金币+1): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-05-05 18:48:21
375642546(金币+3): 2011-05-06 08:58:44
引用回帖:
Originally posted by lpsdu at 2011-05-05 17:41:29:
同一个版本Gaussian软件，在三台不同的服务器上进行优化计算，同一个输入文件，前27步的能量完全一样，从28步后能量就开始不一样了，难道Gaussian计算也有随机性，请教各位高手是否也遇到类似的问题。
20         -2679 ...

如果是Gaussian09的话，加上一个int=(ultrafine,acc2e=11)试试看，
默认的电子积分收敛标准能保持27步相同已经很不容易了
赞一下(3人) 回复此楼
据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
3楼2011-05-05 18:09:50
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上
★
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引用回帖:
Originally posted by hairan at 2011-05-05 18:09:50:
如果是Gaussian09的话，加上一个int=(ultrafine,acc2e=11)试试看，
默认的电子积分收敛标准能保持27步相同已经很不容易了

老师，您给大家稍稍详细点解释一下吧，虽然内存读取有点差异，但这个差异似乎有点大哦。
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前途光明，出路难觅！
4楼2011-05-05 18:13:48
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
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gmy1990(金币+1): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-05-05 18:49:10
375642546(金币+3): 给力！ 2011-05-06 09:00:36
引用回帖:
Originally posted by lihb734 at 2011-05-05 18:13:48:
老师，您给大家稍稍详细点解释一下吧，虽然内存读取有点差异，但这个差异似乎有点大哦。

我的感觉是类似蝴蝶效应，就是在某一步计算出现了一个看似微不足道的差别，但这种差别不断累积下来最后导致了能量的不尽一致。
不过楼主如果能继续优化完，可能最终的优化结构和总能量也不会有太大差别。

我加的那个关键词是让计算积分时的误差尽量小，看看能不能通过减小一点这方面的误差来保持能量的相同。

另外，总能量的差别还不到0.0001 a.u.，不算很大的差别吧？

[ Last edited by hairan on 2011-5-5 at 18:26 ]
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
5楼2011-05-05 18:25:23
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★
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gmy1990(金币+1): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-05-05 19:45:33
几何优化的某些步长是预测的，因此可能由于各种原因预测了不同的几何结构所以能量不同

另外，几何优化的微分对误差是很敏感的，按hairan老师的说法，加强精度试试
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
6楼2011-05-05 19:44:29
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lpsdu

金虫 (著名写手)
★
gmy1990(金币+1): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-05-05 20:16:30
谢谢以上各位的讲解，事实上，在一台服务器上能够优化出最终的结构，需要130步，尽管有一个虚频。但在另一台服务器上，优化到41步就停止了，结果出现很多的NaN等错误的信息，最后是Problem with the distance matrix.就停止优化了。这才引起我的注意。我用的Gaussian版本是G03 E.01，以前没有注意过这种情况。只是想测试一下几台服务器的运行速度，才发现这种情况，感觉不应该出现。
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7楼2011-05-05 20:12:44
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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375642546(金币+3): 2011-05-06 16:57:38
375642546(金币+3): 2011-05-06 16:58:04
可能的原因非常多。例如根据内存大小的不同自动使用不同积分储存方式（在写入/读取时引入数值差异），并行计算时数据累积运算顺序存在的一定随机性等等。实际上前27步也并非相同，只是在有限的数值输出精度中没显示出来罢了，随着累积运算的进行差异被逐渐放大到可感知的地步。

有兴趣的话建议你看看J Comput Aided Mol Des (2008) 22:39–51。虽然是讨论数值误差对分子力学优化影响的，但对理解这个问题也有益。
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8楼2011-05-05 23:20:31
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lpsdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2011-05-05 23:20:31:
可能的原因非常多。例如根据内存大小的不同自动使用不同积分储存方式（在写入/读取时引入数值差异），并行计算时数据累积运算顺序存在的一定随机性等等。实际上前27步也并非相同，只是在有限的数值输出精度中没显 ...

谢谢回复！！！
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9楼2011-05-06 12:21:35
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★
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375642546: 嘿嘿 但是至少比你的蒙特卡洛的重现性好得多 哈哈哈哈 2011-05-06 16:58:04
开眼界了，原来以为QC算出来的结果是完全一致的呢。
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10楼2011-05-06 13:32:21
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