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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 用vasp优化Ni2团簇出现的问题！
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

[求助] 用vasp优化Ni2团簇出现的问题！已有1人参与

各位前辈，大家好：
最近用vasp优化Ni2团簇，将Ni2放到边长为13的立方体盒子中，Ni，Ni 键长为2.42，KPOINTS，gamma下的kmesh不知道取多少，
Automatic generation
Gamma
-     -    -
0.0 0.0 0.0
于是就分别取2到13进行KPOINTS的收敛性测试，取到9还正常，但没有收敛，但从10开始，机器计算出现异常，如下：--------------------------------------------------------
  JOBID: 46876.cn061
  The job was started at Thu Mar 27 11:48:27 CST 2014
  The job was running at cn012.
k mesh = 10 x 10 x 10
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  Ni
POSCAR found :  1 types and       2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
WAVECAR not read
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 16304 on node cn012 exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------

real        1m4.034s
user        0m14.805s
sys        0m11.433s
k mesh = 11 x 11 x 11
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  Ni
POSCAR found :  1 types and       2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
WAVECAR not read
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 16324 on node cn012 exited on signal 9 (Killed).
。。。
这是怎么回事？望高手指导，感激不尽！
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@jpchou

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好好研究，天天向上！
1楼2014-03-28 18:28:27
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
前辈，那意思就是说所有大小团簇优化，都是kpoint下的gamma都取111.不需要进行收敛性测试？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2014-03-28 20:18:38
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-03-28 19:56:19
你的错误原因 是内存不足
KPOINTS应该为  
Automatic generation
Gamma
1 1 1
0.0 0.0 0.0

你取的K点密度太高了！

前辈，那意思就是说所有大小团簇优化，都是kpoint下的gamma都取111.不需要进行收敛性测试？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2014-03-28 20:19:09
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-03-28 21:18:37
是的   因为你的box边长取的很大 仅需gamma点即可...

谢谢前辈，我gamma下取111，进行encut的收敛性测试，结果机器运算出现异常，如下:
JOBID: 47025.cn061
  The job was started at Fri Mar 28 22:36:03 CST 2014
  The job was running at cn012.
ENCUT = 350 eV
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  Ni
POSCAR found :  1 types and       2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation


VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT:
Tetrahedron method fails for NKPT<4. NKPT =       1


VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT:
Tetrahedron method fails for NKPT<4. NKPT =       1


VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT:


VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT:
Tetrahedron method fails for NKPT<4. NKPT =       1
Tetrahedron method fails for NKPT<4. NKPT =       1

real        0m1.609s
user        0m0.544s
sys        0m0.216s
这是怎么回事，但我取222，就能正常运算，但encut取从350取到500也没收敛，是怎么回事?
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6楼2014-03-29 10:43:42
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-03-29 16:22:49
ISMEAR取0 不要用-5...

那前辈，为什么不能取-5.静态计算不是都取-5吗？取0的话，sigmar取多少呀？谢谢前辈了！

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8楼2014-03-29 22:06:53
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-03-30 12:52:56
你的错误不是提示说 Tetrahedron method fails for NKPT<4. NKPT =       1
1个k点不能用Tetrahedron method
你应该仔细看看manual ismear那一项的介绍 上面写的很清楚...

前辈，盒子只能取成立方体的吗，取成长方体的行不行？
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10楼2014-04-01 11:44:36
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-04-01 12:11:47
可以...

谢谢前辈，我现在还有一个疑问就是我已在ms中建立了Au13的团簇，文献中对它所要放的盒子是这样描述的，placed in the same periodic box used to set up the supercell used for the TiO2 support。而建立的TiO2模型如下，我是不明白就是把Au13放到这个跟TiO2一样的长方体盒子里，还是把高缩短到与长宽一样大的立方体盒子里？
用vasp优化Ni2团簇出现的问题！
12345.png
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12楼2014-04-01 12:46:49
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-04-01 15:19:29
只要你的cubic box取得合理（足够大），Au13放在你说的两种情况下 计算出来的能量应该差不多（误差可以接受的）...

前辈，我一直有个问题很困惑，就是放团簇的盒子应该取合适的边长，但我不知道这个边长究竟怎样取，听说放的原则是避免团簇之间的相互作用，但我真是不理解这话的意思，我知道盒子是具有周期性的，但是团簇之间隔多远就没相互作用了，还望前辈指导！
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14楼2014-04-01 17:04:26
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-04-01 17:59:28
“团簇之间隔多远就没相互作用了”  具体的视情况而定，for instance cluster大小会影响box的大小， 你的Au13按照我的感觉15A 的距离应该可以的，但好像计算量有点大喔！
我在jacs上看到很多ClusterAu/TiO2的理论 ...

团簇之间的距离，指的是什么，我还是不太清楚，下面是我在wps做了个简单的图来描述，我的理解，前辈帮我看看对不对？假定圆圈表示团簇，团簇是在盒子中心的，连接两个圆圈也就是团簇之间的线的长度是不是就是团簇的距离？
用vasp优化Ni2团簇出现的问题！-1
1111.png
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16楼2014-04-01 18:32:57
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