24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

小小鑫000

铁虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 6.6
帖子: 267
在线: 111.8小时
虫号: 2648268
注册: 2013-09-11
性别: MM
专业: 理论和计算化学

[求助] 用vasp优化Ni2团簇出现的问题！已有1人参与

各位前辈，大家好：
最近用vasp优化Ni2团簇，将Ni2放到边长为13的立方体盒子中，Ni，Ni 键长为2.42，KPOINTS，gamma下的kmesh不知道取多少，
Automatic generation
Gamma
-    - -
0.0 0.0 0.0
于是就分别取2到13进行KPOINTS的收敛性测试，取到9还正常，但没有收敛，但从10开始，机器计算出现异常，如下：--------------------------------------------------------
  JOBID: 46876.cn061
  The job was started at Thu Mar 27 11:48:27 CST 2014
  The job was running at cn012.
k mesh = 10 x 10 x 10
running on 4 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  Ni
POSCAR found :  1 types and    2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(          1 )
WAVECAR not read
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 16304 on node cn012 exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------

real 1m4.034s
user 0m14.805s
sys 0m11.433s
k mesh = 11 x 11 x 11
running on 4 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  Ni
POSCAR found :  1 types and    2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(          1 )
WAVECAR not read
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 16324 on node cn012 exited on signal 9 (Killed).
。。。
这是怎么回事？望高手指导，感激不尽！

回复此楼

» 本帖@通知

@jpchou

» 猜你喜欢

急招9月入学博士，要有4级、最晚7月硕士毕业。精密电机驱控课题；学位材料已经有6人回复
有没有快的中文核心比较快录用的，纳米材料光催化已经有4人回复
本人42，博士刚毕业，现在找不到工作，怎么办？:( 已经有21人回复
河北省自然基金已经有6人回复
博士申请已经有5人回复
有人投过CCC中国控制会议吗？已经有3人回复
3,4-二羟基苯乙酮如何纯化？已经有5人回复
国基评审已经有10人回复
2026-博士申请已经有4人回复
考研调剂已经有3人回复

好好研究，天天向上！

1楼 2014-03-28 18:28:27

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

emilyoyang

木虫 (正式写手)

应助: 232 (大学生)
金币: 4340.4
红花: 42
帖子: 667
在线: 189.9小时
虫号: 1630291
注册: 2012-02-20
性别: MM
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小小鑫000: 金币+3 2014-04-01 18:06:51

引用回帖:

14楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 17:04:26
前辈，我一直有个问题很困惑，就是放团簇的盒子应该取合适的边长，但我不知道这个边长究竟怎样取，听说放的原则是避免团簇之间的相互作用，但我真是不理解这话的意思，我知道盒子是具有周期性的，但是团簇之间隔多 ...

“团簇之间隔多远就没相互作用了” 具体的视情况而定，for instance cluster大小会影响box的大小，你的Au13按照我的感觉15A 的距离应该可以的，但好像计算量有点大喔！
我在jacs上看到很多ClusterAu/TiO2的理论计算工作，你可以搜一下相关的文章，上面有对模型的详细阐述。另外，也有碰到过文章不考虑cluster-cluster interaction（就是两个周期的中的cluster相距非常近<5埃），这个感觉跟研究对象或侧重点有关。但我个人还是认为计算能力允许前提下， cluster-cluster尽可能的远。