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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

[求助] 用vasp优化Ni2团簇出现的问题! 已有1人参与

各位前辈,大家好:
最近用vasp优化Ni2团簇,将Ni2放到边长为13的立方体盒子中,Ni,Ni 键长为2.42,KPOINTS,gamma下的kmesh不知道取多少,
Automatic generation
Gamma
-     -    -
0.0 0.0 0.0
于是就分别取2到13进行KPOINTS的收敛性测试,取到9还正常,但没有收敛,但从10开始,机器计算出现异常,如下:--------------------------------------------------------
  JOBID: 46876.cn061
  The job was started at Thu Mar 27 11:48:27 CST 2014
  The job was running at cn012.
k mesh = 10 x 10 x 10
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  Ni
POSCAR found :  1 types and       2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
WAVECAR not read
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 16304 on node cn012 exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------

real        1m4.034s
user        0m14.805s
sys        0m11.433s
k mesh = 11 x 11 x 11
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  Ni
POSCAR found :  1 types and       2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
WAVECAR not read
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 16324 on node cn012 exited on signal 9 (Killed).
。。。
这是怎么回事?望高手指导,感激不尽!
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好好研究,天天向上!
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小小鑫000: 金币+5 2014-03-28 20:15:53
你的错误原因 是内存不足
KPOINTS应该为  
Automatic generation
Gamma
1 1 1
0.0 0.0 0.0

你取的K点密度太高了!
2楼2014-03-28 19:56:19
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

前辈,那意思就是说所有大小团簇优化,都是kpoint下的gamma都取111.不需要进行收敛性测试?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
好好研究,天天向上!
3楼2014-03-28 20:18:38
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-03-28 19:56:19
你的错误原因 是内存不足
KPOINTS应该为  
Automatic generation
Gamma
1 1 1
0.0 0.0 0.0

你取的K点密度太高了!

前辈,那意思就是说所有大小团簇优化,都是kpoint下的gamma都取111.不需要进行收敛性测试?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
好好研究,天天向上!
4楼2014-03-28 20:19:09
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小小鑫000: 金币+5 2014-03-29 10:25:48
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-28 20:19:09
前辈,那意思就是说所有大小团簇优化,都是kpoint下的gamma都取111.不需要进行收敛性测试?
...

是的   因为你的box边长取的很大 仅需gamma点即可
5楼2014-03-28 21:18:37
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-03-28 21:18:37
是的   因为你的box边长取的很大 仅需gamma点即可...

谢谢前辈,我gamma下取111,进行encut的收敛性测试,结果机器运算出现异常,如下:
JOBID: 47025.cn061
  The job was started at Fri Mar 28 22:36:03 CST 2014
  The job was running at cn012.
ENCUT = 350 eV
running on    4 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  Ni
POSCAR found :  1 types and       2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation


VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT:
Tetrahedron method fails for NKPT<4. NKPT =       1


VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT:
Tetrahedron method fails for NKPT<4. NKPT =       1


VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT:


VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT:
Tetrahedron method fails for NKPT<4. NKPT =       1
Tetrahedron method fails for NKPT<4. NKPT =       1

real        0m1.609s
user        0m0.544s
sys        0m0.216s
这是怎么回事,但我取222,就能正常运算,但encut取从350取到500也没收敛,是怎么回事?
好好研究,天天向上!
6楼2014-03-29 10:43:42
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-29 10:43:42
谢谢前辈,我gamma下取111,进行encut的收敛性测试,结果机器运算出现异常,如下:
JOBID: 47025.cn061
  The job was started at Fri Mar 28 22:36:03 CST 2014
  The job was running at cn012.
ENCUT = 350  ...

ISMEAR取0 不要用-5
7楼2014-03-29 16:22:49
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-03-29 16:22:49
ISMEAR取0 不要用-5...

那前辈,为什么不能取-5.静态计算不是都取-5吗?取0的话,sigmar取多少呀?谢谢前辈了!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
好好研究,天天向上!
8楼2014-03-29 22:06:53
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小小鑫000: 金币+3 2014-03-30 16:56:28
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-03-29 22:06:53
那前辈,为什么不能取-5.静态计算不是都取-5吗?取0的话,sigmar取多少呀?谢谢前辈了!
...

你的错误不是提示说 Tetrahedron method fails for NKPT<4. NKPT =       1
1个k点不能用Tetrahedron method
你应该仔细看看manual ismear那一项的介绍 上面写的很清楚
9楼2014-03-30 12:52:56
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-03-30 12:52:56
你的错误不是提示说 Tetrahedron method fails for NKPT<4. NKPT =       1
1个k点不能用Tetrahedron method
你应该仔细看看manual ismear那一项的介绍 上面写的很清楚...

前辈,盒子只能取成立方体的吗,取成长方体的行不行?
好好研究,天天向上!
10楼2014-04-01 11:44:36
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