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emilyoyang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 11:44:36
前辈,盒子只能取成立方体的吗,取成长方体的行不行?...

可以
11楼2014-04-01 12:11:47
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

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11楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-04-01 12:11:47
可以...

谢谢前辈,我现在还有一个疑问就是我已在ms中建立了Au13的团簇,文献中对它所要放的盒子是这样描述的,placed in the same periodic box used to set up the supercell used for the TiO2 support。而建立的TiO2模型如下,我是不明白就是把Au13放到这个跟TiO2一样的长方体盒子里,还是把高缩短到与长宽一样大的立方体盒子里?
用vasp优化Ni2团簇出现的问题!
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好好研究,天天向上!
12楼2014-04-01 12:46:49
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小小鑫000: 金币+2 2014-04-01 16:14:25
引用回帖:
12楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 12:46:49
谢谢前辈,我现在还有一个疑问就是我已在ms中建立了Au13的团簇,文献中对它所要放的盒子是这样描述的,placed in the same periodic box used to set up the supercell used for the TiO2 support。而建立的TiO2模 ...

只要你的cubic box取得合理(足够大),Au13放在你说的两种情况下 计算出来的能量应该差不多(误差可以接受的)
13楼2014-04-01 15:19:29
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-04-01 15:19:29
只要你的cubic box取得合理(足够大),Au13放在你说的两种情况下 计算出来的能量应该差不多(误差可以接受的)...

前辈,我一直有个问题很困惑,就是放团簇的盒子应该取合适的边长,但我不知道这个边长究竟怎样取,听说放的原则是避免团簇之间的相互作用,但我真是不理解这话的意思,我知道盒子是具有周期性的,但是团簇之间隔多远就没相互作用了,还望前辈指导!
好好研究,天天向上!
14楼2014-04-01 17:04:26
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小小鑫000: 金币+3 2014-04-01 18:06:51
引用回帖:
14楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 17:04:26
前辈,我一直有个问题很困惑,就是放团簇的盒子应该取合适的边长,但我不知道这个边长究竟怎样取,听说放的原则是避免团簇之间的相互作用,但我真是不理解这话的意思,我知道盒子是具有周期性的,但是团簇之间隔多 ...

“团簇之间隔多远就没相互作用了”  具体的视情况而定,for instance cluster大小会影响box的大小, 你的Au13按照我的感觉15A 的距离应该可以的,但好像计算量有点大喔!
我在jacs上看到很多ClusterAu/TiO2的理论计算工作,你可以搜一下相关的文章,上面有对模型的详细阐述。另外,也有碰到过文章不考虑cluster-cluster interaction(就是两个周期的中的cluster相距非常近<5埃),这个感觉跟研究对象或侧重点有关。 但我个人还是认为  计算能力允许前提下, cluster-cluster尽可能的远。
15楼2014-04-01 17:59:28
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
15楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-04-01 17:59:28
“团簇之间隔多远就没相互作用了”  具体的视情况而定,for instance cluster大小会影响box的大小, 你的Au13按照我的感觉15A 的距离应该可以的,但好像计算量有点大喔!
我在jacs上看到很多ClusterAu/TiO2的理论 ...

团簇之间的距离,指的是什么,我还是不太清楚,下面是我在wps做了个简单的图来描述,我的理解,前辈帮我看看对不对?假定圆圈表示团簇,团簇是在盒子中心的,连接两个圆圈也就是团簇之间的线的长度是不是就是团簇的距离?
用vasp优化Ni2团簇出现的问题!-1
1111.png

好好研究,天天向上!
16楼2014-04-01 18:32:57
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
16楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 18:32:57
团簇之间的距离,指的是什么,我还是不太清楚,下面是我在wps做了个简单的图来描述,我的理解,前辈帮我看看对不对?假定圆圈表示团簇,团簇是在盒子中心的,连接两个圆圈也就是团簇之间的线的长度是不是就是团簇的 ...

yes
17楼2014-04-01 18:41:15
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digghost

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

我觉得是你的堆溢出了.将堆栈加大,用ulimit -s 察看堆的大小,然后射程unlimited就行了。
呵呵了
18楼2014-04-01 19:43:47
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0冬冬0

木虫 (正式写手)

楼主:你算的单个Ni原子的能量是对少?
19楼2016-04-01 09:07:53
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