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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 用vasp优化Ni2团簇出现的问题！
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 11:44:36
前辈，盒子只能取成立方体的吗，取成长方体的行不行？...

可以
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11楼2014-04-01 12:11:47
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-04-01 12:11:47
可以...

谢谢前辈，我现在还有一个疑问就是我已在ms中建立了Au13的团簇，文献中对它所要放的盒子是这样描述的，placed in the same periodic box used to set up the supercell used for the TiO2 support。而建立的TiO2模型如下，我是不明白就是把Au13放到这个跟TiO2一样的长方体盒子里，还是把高缩短到与长宽一样大的立方体盒子里？
用vasp优化Ni2团簇出现的问题！
12345.png
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好好研究，天天向上！
12楼2014-04-01 12:46:49
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小小鑫000: 金币+2 2014-04-01 16:14:25
引用回帖:
12楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 12:46:49
谢谢前辈，我现在还有一个疑问就是我已在ms中建立了Au13的团簇，文献中对它所要放的盒子是这样描述的，placed in the same periodic box used to set up the supercell used for the TiO2 support。而建立的TiO2模 ...

只要你的cubic box取得合理（足够大），Au13放在你说的两种情况下 计算出来的能量应该差不多（误差可以接受的）
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13楼2014-04-01 15:19:29
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-04-01 15:19:29
只要你的cubic box取得合理（足够大），Au13放在你说的两种情况下 计算出来的能量应该差不多（误差可以接受的）...

前辈，我一直有个问题很困惑，就是放团簇的盒子应该取合适的边长，但我不知道这个边长究竟怎样取，听说放的原则是避免团簇之间的相互作用，但我真是不理解这话的意思，我知道盒子是具有周期性的，但是团簇之间隔多远就没相互作用了，还望前辈指导！
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好好研究，天天向上！
14楼2014-04-01 17:04:26
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小小鑫000: 金币+3 2014-04-01 18:06:51
引用回帖:
14楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 17:04:26
前辈，我一直有个问题很困惑，就是放团簇的盒子应该取合适的边长，但我不知道这个边长究竟怎样取，听说放的原则是避免团簇之间的相互作用，但我真是不理解这话的意思，我知道盒子是具有周期性的，但是团簇之间隔多 ...

“团簇之间隔多远就没相互作用了”  具体的视情况而定，for instance cluster大小会影响box的大小， 你的Au13按照我的感觉15A 的距离应该可以的，但好像计算量有点大喔！
我在jacs上看到很多ClusterAu/TiO2的理论计算工作，你可以搜一下相关的文章，上面有对模型的详细阐述。另外，也有碰到过文章不考虑cluster-cluster interaction（就是两个周期的中的cluster相距非常近<5埃），这个感觉跟研究对象或侧重点有关。 但我个人还是认为  计算能力允许前提下， cluster-cluster尽可能的远。
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15楼2014-04-01 17:59:28
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小小鑫000

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-04-01 17:59:28
“团簇之间隔多远就没相互作用了”  具体的视情况而定，for instance cluster大小会影响box的大小， 你的Au13按照我的感觉15A 的距离应该可以的，但好像计算量有点大喔！
我在jacs上看到很多ClusterAu/TiO2的理论 ...

团簇之间的距离，指的是什么，我还是不太清楚，下面是我在wps做了个简单的图来描述，我的理解，前辈帮我看看对不对？假定圆圈表示团簇，团簇是在盒子中心的，连接两个圆圈也就是团簇之间的线的长度是不是就是团簇的距离？
用vasp优化Ni2团簇出现的问题！-1
1111.png
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好好研究，天天向上！
16楼2014-04-01 18:32:57
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 小小鑫000 at 2014-04-01 18:32:57
团簇之间的距离，指的是什么，我还是不太清楚，下面是我在wps做了个简单的图来描述，我的理解，前辈帮我看看对不对？假定圆圈表示团簇，团簇是在盒子中心的，连接两个圆圈也就是团簇之间的线的长度是不是就是团簇的 ...

yes
17楼2014-04-01 18:41:15
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digghost

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

我觉得是你的堆溢出了.将堆栈加大,用ulimit -s 察看堆的大小，然后射程unlimited就行了。
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呵呵了
18楼2014-04-01 19:43:47
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0冬冬0

木虫 (正式写手)
楼主：你算的单个Ni原子的能量是对少？
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19楼2016-04-01 09:07:53
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