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小小鑫000

铁虫 (小有名气)

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专业: 理论和计算化学

[求助] 用vasp优化Ni2团簇出现的问题！已有1人参与

各位前辈，大家好：
最近用vasp优化Ni2团簇，将Ni2放到边长为13的立方体盒子中，Ni，Ni 键长为2.42，KPOINTS，gamma下的kmesh不知道取多少，
Automatic generation
Gamma
-    - -
0.0 0.0 0.0
于是就分别取2到13进行KPOINTS的收敛性测试，取到9还正常，但没有收敛，但从10开始，机器计算出现异常，如下：--------------------------------------------------------
  JOBID: 46876.cn061
  The job was started at Thu Mar 27 11:48:27 CST 2014
  The job was running at cn012.
k mesh = 10 x 10 x 10
running on 4 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  Ni
POSCAR found :  1 types and    2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(          1 )
WAVECAR not read
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 16304 on node cn012 exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------

real 1m4.034s
user 0m14.805s
sys 0m11.433s
k mesh = 11 x 11 x 11
running on 4 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 4 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  Ni
POSCAR found :  1 types and    2 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(          1 )
WAVECAR not read
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 16324 on node cn012 exited on signal 9 (Killed).
。。。
这是怎么回事？望高手指导，感激不尽！

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@jpchou

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好好研究，天天向上！

1楼 2014-03-28 18:28:27

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小小鑫000

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引用回帖:

15楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-04-01 17:59:28
“团簇之间隔多远就没相互作用了” 具体的视情况而定，for instance cluster大小会影响box的大小，你的Au13按照我的感觉15A 的距离应该可以的，但好像计算量有点大喔！
我在jacs上看到很多ClusterAu/TiO2的理论 ...

团簇之间的距离，指的是什么，我还是不太清楚，下面是我在wps做了个简单的图来描述，我的理解，前辈帮我看看对不对？假定圆圈表示团簇，团簇是在盒子中心的，连接两个圆圈也就是团簇之间的线的长度是不是就是团簇的距离？