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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 构型优化失败
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唱歌给你听dc

新虫 (小有名气)

[求助] 构型优化失败 已有1人参与

为什么我用buildlayer功能构造完模型后，跑构型优化失败呢，请高人指点，下面是我的输出文件和模型图

Forcite
-------
Task             : Geometry Optimization
Version          : 6.0
Build date       : Dec  8 2011
Host             : WIN-V0FJFGH9EFN
Threads          : Parallel 10
Operating system : Windows
Task started     : Thu Mar 27 14:38:02 2014

---- Geometry optimization parameters ----

Algorithm                       : Smart
Convergence tolerance:
  Energy                        : 0.0001 kcal/mol
  Force                         : 0.005 kcal/mol/A
  Stress                        : 0.005 GPa
  Displacement                  : 5e-005 A
Maximum number of iterations    : 1000
External pressure               : 0 GPa
Motion groups rigid             : YES
Optimize cell                   : NO

---- Energy parameters ----

Forcefield                      : COMPASS
Electrostatic terms:
  Summation method              : Ewald
  Accuracy                      : 1e-005 kcal/mol
  Buffer width                  : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method              : Atom based
  Truncation method             : Cubic spline
  Cutoff distance               : 18.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Buffer width                  : 0.5 A

Energy Server failed.
The typing engine has failed to calculate a forcefield type for 2 particles.
Try using a different forcefield or assign types manually (and remember to turn off the automatic calculation of forcefield types).
Unable to calculate energy and gradients.
Geometry optimization finished with an error condition.




Task terminated               : Thu Mar 27 14:38:03 2014
Total CPU time used by Forcite: 1 seconds (1.06s)

Termination status : Error

构型优化失败
1.png
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今天比昨天的自己好一点
1楼 2014-03-27 14:44:48
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唱歌给你听dc

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2014-03-27 20:22:42
你先找出那些原子是什么错误吧
如果是简单的缺H，MS的自动加H功能就能搞定
如果是那些原子本身不能在compass找到对应力场，那只有换力场了，而且是关于这个结构的优化、动力学计算都得是同样的力场...

好的，我先去试试，感激不尽啊
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今天比昨天的自己好一点
5楼2014-03-27 20:29:21
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 专家考核, 感谢指导！ 2014-03-28 20:33:08
The typing engine has failed to calculate a forcefield type for 2 particles.
模型里有部分原子没有分配力场

重新打开模型文件，forcite——energy tab——forcefield旁的more——取消calculate auto——点calculate——错误提示后点yes，软件会标记出没分配力场的原子【看看是不是有缺H什么的情况】

貌似体系主要是CHO，compass不行的话试试universal、dreiding和pcff

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2014-03-27 14:56:19
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唱歌给你听dc

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-03-27 14:56:19
The typing engine has failed to calculate a forcefield type for 2 particles.
模型里有部分原子没有分配力场

重新打开模型文件，forcite——energy tab——forcefield旁的more——取消calculate auto——点 ...

那如果是缺H的话我该怎么解决呢？还有如果我按你所说换了力场，可我前面建模型和跑动力学的时候都是用的compass力场，这样会不会对模拟结果有影响啊，还有你所说的换力场是只针对这两个原子的吗？
赞一下 回复此楼
今天比昨天的自己好一点
3楼2014-03-27 17:55:04
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-03-28 20:33:16
引用回帖:
3楼: Originally posted by 唱歌给你听dc at 2014-03-27 17:55:04
那如果是缺H的话我该怎么解决呢？还有如果我按你所说换了力场，可我前面建模型和跑动力学的时候都是用的compass力场，这样会不会对模拟结果有影响啊，还有你所说的换力场是只针对这两个原子的吗？...

你先找出那些原子是什么错误吧
如果是简单的缺H，MS的自动加H功能就能搞定
如果是那些原子本身不能在compass找到对应力场，那只有换力场了，而且是关于这个结构的优化、动力学计算都得是同样的力场
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唱歌给你听dc 唱歌给你听dc
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2014-03-27 20:22:42
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