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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp优化构型出现了键的断裂
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【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 刘小伟110 的 3 个金币

刘小伟110

木虫 (小有名气)

[交流] vasp优化构型出现了键的断裂

作为一个小虫，还请麻烦各位大虫一下。。。如果能对我有帮助，金币会尽最大努力给的。。。我把MS中的模型，用VESTA导入到vasp中，但是在vasp优化时，达到reach，但是本来连着的键断裂啦。。。。不知原因，求解，在此谢谢各位大虫啦。。。
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1楼2013-11-25 19:52:56
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jpchou

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-11-26 01:15:28
刘小伟110: 金币+1 2013-11-26 10:41:09
什麼叫做 "键断裂" ???
1) 是VESTA本?碛谐霈F鍵的地方~計算後鍵不見
2) 是某兩顆原子的真�?距離在計算過後變很遠

這兩件事是不同的事
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2楼2013-11-25 23:04:13
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souledge

专家顾问 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-11-26 01:15:47
刘小伟110: 金币+1 2013-11-26 10:41:19
引用回帖:
2楼: Originally posted by jpchou at 2013-11-25 23:04:13
什麼叫做 "键断裂" ???
1) 是VESTA本?碛谐霈F鍵的地方~計算後鍵不見
2) 是某兩顆原子的真�?距離在計算過後變很遠

這兩件事是不同的事

个人从楼主的描述猜测，应该是第一个。
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3楼2013-11-25 23:15:01
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jpchou at 2013-11-25 23:04:13
什麼叫做 "键断裂" ???
1) 是VESTA本?碛谐霈F鍵的地方~計算後鍵不見
2) 是某兩顆原子的真�?距離在計算過後變很遠

這兩件事是不同的事

jpchou好啊，我的意思是，从VESTA导出来的构型，原子之间的键连接的好好的，但是用vasp优化的后，弛豫的两层之间原子的键断开啦，弛豫与固定的原子层之间的也断开啦。。。后一种可以理解，但是弛豫的两层之间不该断键啊。。。我是用chem3D看的vasp构型。。。望指教
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4楼2013-11-26 10:40:12
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2013-11-25 23:15:01
个人从楼主的描述猜测，应该是第一个。...

顾问啊，您别猜测啊，来救我吧。。。。
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5楼2013-11-26 10:40:52
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2013-11-26 10:40:12
jpchou好啊，我的意思是，从VESTA导出来的构型，原子之间的键连接的好好的，但是用vasp优化的后，弛豫的两层之间原子的键断开啦，弛豫与固定的原子层之间的也断开啦。。。后一种可以理解，但是弛豫的两层之间不该断 ...

請不要太相信 visualization software (vesta，chem3D， 之�?)
程式是寫死的
電腦判定兩原子間距離多少要出現 bond
這是固定的 (有些軟體可以改)

比方 chem3D 預設某兩原子距離 2.0 要出現鍵結
如果你計算後兩顆原子距離變成 2.001
那你就看不到鍵結了
所以~~ 請真的去量看看到底距離真的有變長嬤
(肉眼就看的出?碜冮L的話那就沒話講了~不是軟體的錯)
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6楼2013-11-26 16:38:30
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jpchou at 2013-11-26 16:38:30
請不要太相信 visualization software (vesta，chem3D， 之�?)
程式是寫死的
電腦判定兩原子間距離多少要出現 bond
這是固定的 (有些軟體可以改)

比方 chem3D 預設某兩原子距離 2.0 要出現鍵結
如果你計算後 ...

键的距离变长了，原来是1.9埃，现在是2.1埃，在chem3D中是断键啦，但在MS中看却没断键。。。但是我一直会在chem3D中画图啊，这样的话以后算吸附岂不是看不到成键不成键呢。。。。可不可能是我的vasp设置的INCAR 有问题呢，求解
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7楼2013-11-26 20:17:47
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2013-11-26 20:17:47
键的距离变长了，原来是1.9埃，现在是2.1埃，在chem3D中是断键啦，但在MS中看却没断键。。。但是我一直会在chem3D中画图啊，这样的话以后算吸附岂不是看不到成键不成键呢。。。。可不可能是我的vasp设置的INCAR 有 ...

=_= ~
都找到問題所在了~
問題只是 chem3D 對於鍵的判定比別人短
為什麼還要懷疑自己計算有問題呢 (INCAR) .....
有更多的問題需要去思考
POTCAR 是否合適
K 點給的夠不夠多~ 諸如此�?的
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8楼2013-11-26 20:25:51
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)
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fzx2008: 金币+2, 谢谢回帖！ 2013-11-27 16:49:46
引用回帖:
7楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2013-11-26 20:17:47
键的距离变长了，原来是1.9埃，现在是2.1埃，在chem3D中是断键啦，但在MS中看却没断键。。。但是我一直会在chem3D中画图啊，这样的话以后算吸附岂不是看不到成键不成键呢。。。。可不可能是我的vasp设置的INCAR 有 ...

你需要调整一下你的Chem3D的参数，设定一个合适的键长上限，让它把该画上键的原子之间给画上键。MS和Chem3D的画图参数不同导致画出来不同，但这对你的数据没有影响。
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9楼2013-11-27 00:26:11
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jpchou at 2013-11-26 20:25:51
=_= ~
都找到問題所在了~
問題只是 chem3D 對於鍵的判定比別人短
為什麼還要懷疑自己計算有問題呢 (INCAR) .....
有更多的問題需要去思考
POTCAR 是否合適
K 點給的夠不夠多~ 諸如此�?的...

jpchou，我明白你的意思。。。但是我以后要用chem3D画图的，如果吸附的分子，本来成键，现在不能成键，会很影响视觉的，chem3D也没见到有人会设置键长，现在都愁死啦。。。至于POSCAR，我用的是ms里导出来的，那就更不知道对错啦，我是一新手，新手表示很伤悲。。
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10楼2013-11-27 15:50:15
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by KalaShayminS at 2013-11-27 00:26:11
你需要调整一下你的Chem3D的参数，设定一个合适的键长上限，让它把该画上键的原子之间给画上键。MS和Chem3D的画图参数不同导致画出来不同，但这对你的数据没有影响。...

我以后要用chem3D画图的，如果吸附的分子，本来成键，现在不能成键，会很影响视觉的，chem3D也没见到有人会设置键长，现在都愁死啦。。。还有一种感觉就是，感觉在MS中什么长度都能成键的感觉。。
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11楼2013-11-27 15:52:19
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我猜....

下載 chem3D 手冊
ex:  http://www.camsoft.co.kr/service ... hem3d_8_english.pdf
第八版
但應該都大同小�?

跳到 56 頁
Creating Bonds by Bond
Proximate Addition
這一段就是你要的吧
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12楼2013-11-27 16:42:04
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