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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp优化构型出现了键的断裂
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刘小伟110

木虫 (小有名气)

[交流] vasp优化构型出现了键的断裂

作为一个小虫，还请麻烦各位大虫一下。。。如果能对我有帮助，金币会尽最大努力给的。。。我把MS中的模型，用VESTA导入到vasp中，但是在vasp优化时，达到reach，但是本来连着的键断裂啦。。。。不知原因，求解，在此谢谢各位大虫啦。。。
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1楼 2013-11-25 19:52:56
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jpchou

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franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-11-26 01:15:28
刘小伟110: 金币+1 2013-11-26 10:41:09
??N???? "??????" ???
1) ??VESTA?????г??F?I????~??????I???
2) ??????w??????????x??????^??????h

?@?????????????
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2楼2013-11-25 23:04:13
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souledge

专家顾问 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-11-26 01:15:47
刘小伟110: 金币+1 2013-11-26 10:41:19
???????:
2?: Originally posted by jpchou at 2013-11-25 23:04:13
??N???? "??????" ???
1) ??VESTA?????г??F?I????~??????I???
2) ??????w??????????x??????^??????h

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????????????????????????????
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3楼2013-11-25 23:15:01
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
???????:
2?: Originally posted by jpchou at 2013-11-25 23:04:13
??N???? "??????" ???
1) ??VESTA?????г??F?I????~??????I???
2) ??????w??????????x??????^??????h

?@?????????????

jpchou????????????????VESTA?????????????????????????ú?????????vasp???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????chem3D????vasp??????????????
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4楼2013-11-26 10:40:12
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2013-11-25 23:15:01
个人从楼主的描述猜测，应该是第一个。...

顾问啊，您别猜测啊，来救我吧。。。。
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5楼2013-11-26 10:40:52
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
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???????:
4?: Originally posted by ??С?110 at 2013-11-26 10:40:12
jpchou????????????????VESTA?????????????????????????ú?????????vasp???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ...

????????? visualization software (vesta??chem3D?? ???)
??????????
??X?ж???????g???x????????F bond
?@?ǹ???? (??Щ??w?????)

??? chem3D ?A?O????????x 2.0 ????F?I?Y
????????????w?????x??? 2.001
???????????I?Y??
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(?????????????L??????]??v??~??????w???e)
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6楼2013-11-26 16:38:30
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
???????:
6?: Originally posted by jpchou at 2013-11-26 16:38:30
????????? visualization software (vesta??chem3D?? ???)
??????????
??X?ж???????g???x????????F bond
?@?ǹ???? (??Щ??w?????)

??? chem3D ?A?O????????x 2.0 ????F?I?Y
?????????? ...

????????????????1.9??????????2.1??????chem3D??????????????MS?п????????????????????????chem3D?л????????????????????????????????????????????????????????????vasp?????INCAR ????????????
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7楼2013-11-26 20:17:47
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
★
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???????:
7?: Originally posted by ??С?110 at 2013-11-26 20:17:47
????????????????1.9??????????2.1??????chem3D??????????????MS?п????????????????????????chem3D?л????????????????????????????????????????????????????????????vasp?????INCAR ?? ...

=_= ~
????????}??????~
???}??? chem3D ????I???ж???e???
????N????????????????}?? (INCAR) .....
?и??????}???????
POTCAR ?????m
K ?c?o?????~ ?T???????
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8楼2013-11-26 20:25:51
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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fzx2008: 金币+2, 谢谢回帖！ 2013-11-27 16:49:46
引用回帖:
7楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2013-11-26 20:17:47
键的距离变长了，原来是1.9埃，现在是2.1埃，在chem3D中是断键啦，但在MS中看却没断键。。。但是我一直会在chem3D中画图啊，这样的话以后算吸附岂不是看不到成键不成键呢。。。。可不可能是我的vasp设置的INCAR 有 ...

你需要调整一下你的Chem3D的参数，设定一个合适的键长上限，让它把该画上键的原子之间给画上键。MS和Chem3D的画图参数不同导致画出来不同，但这对你的数据没有影响。
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9楼2013-11-27 00:26:11
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
???????:
8?: Originally posted by jpchou at 2013-11-26 20:25:51
=_= ~
????????}??????~
???}??? chem3D ????I???ж???e???
????N????????????????}?? (INCAR) .....
?и??????}???????
POTCAR ?????m
K ?c?o?????~ ?T???????...

jpchou????????????????????????????????chem3D???????????????????????????????????????????????????chem3D??????????????ü??????????????????????????POSCAR?????????ms??????????????????????????????????????????????????
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10楼2013-11-27 15:50:15
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by KalaShayminS at 2013-11-27 00:26:11
你需要调整一下你的Chem3D的参数，设定一个合适的键长上限，让它把该画上键的原子之间给画上键。MS和Chem3D的画图参数不同导致画出来不同，但这对你的数据没有影响。...

我以后要用chem3D画图的，如果吸附的分子，本来成键，现在不能成键，会很影响视觉的，chem3D也没见到有人会设置键长，现在都愁死啦。。。还有一种感觉就是，感觉在MS中什么长度都能成键的感觉。。
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11楼2013-11-27 15:52:19
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
???....

???d chem3D ???
ex:  http://www.camsoft.co.kr/service ... hem3d_8_english.pdf
????
??????????С??

???? 56 ?
Creating Bonds by Bond
Proximate Addition
?@??ξ?????????
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12楼2013-11-27 16:42:04
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