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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请问：Autodock计算导出的小分子结构有问题，请问如何解决!
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supengchen

银虫 (正式写手)

[求助] 请问：Autodock计算导出的小分子结构有问题，请问如何解决! 已有3人参与

请问：Autodock计算导出的小分子结构/构象有问题，如下图（第一个是导出的结果，第二张计算之前的结构显示图，第三张是结构式），请问如何解决！
请问：Autodock计算导出的小分子结构有问题，请问如何解决!
分子计算问题求助.JPG


请问：Autodock计算导出的小分子结构有问题，请问如何解决!-1
计算前分子模型.JPG


请问：Autodock计算导出的小分子结构有问题，请问如何解决!-2
原结构1.JPG
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新阶段，新起点！
1楼 2014-03-12 13:40:02
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墨玉丶溪卿

禁虫
本帖内容被屏蔽
6楼2022-03-21 14:01:22
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查看全部 6 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-14 08:15:38
重新优化小分子的结构，小分子结构优化不好会出现此问题
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2楼2014-03-12 17:58:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-14 08:15:46
你分子的pdb文件是用什么做的，是chem3d吗，如果是，看看是不是本身有问题。。。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-13 00:02:56
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-14 08:15:51
结构没什么问题吧，那个键应该是显示的问题
赞一下 回复此楼
理论与计算化学，化学物理，生物物理
4楼2014-03-13 05:15:43
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