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supengchen

银虫 (正式写手)

[求助] 请问:Autodock计算导出的小分子结构有问题,请问如何解决! 已有3人参与

请问:Autodock计算导出的小分子结构/构象有问题,如下图(第一个是导出的结果,第二张计算之前的结构显示图,第三张是结构式),请问如何解决!
请问:Autodock计算导出的小分子结构有问题,请问如何解决!
分子计算问题求助.JPG


请问:Autodock计算导出的小分子结构有问题,请问如何解决!-1
计算前分子模型.JPG


请问:Autodock计算导出的小分子结构有问题,请问如何解决!-2
原结构1.JPG
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supengchen

银虫 (正式写手)

我的其他的分子中有这样的结构的(,但是都好的,就是这个不好,应该不是chem3D的原因吧!
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5楼2014-03-14 11:13:40
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-14 08:15:38
重新优化小分子的结构,小分子结构优化不好会出现此问题
2楼2014-03-12 17:58:38
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姜志文

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-14 08:15:46
你分子的pdb文件是用什么做的,是chem3d吗,如果是,看看是不是本身有问题。。。

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-03-13 00:02:56
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-14 08:15:51
结构没什么问题吧,那个键应该是显示的问题
理论与计算化学,化学物理,生物物理
4楼2014-03-13 05:15:43
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