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luyang_982新虫 (小有名气)
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溶剂化自由能 已有2人参与
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想算一个物质在水中的溶剂化自由能（使用SMD模型），已经在气态中优化好该物质（优化的同时算频率）。接下来要算加上溶剂后的单点能。 一、 直接拿气态下优化好的分子加上scrf=（smd，solvent=water）算单点能 还是需要在溶剂下重新优化好后，再加scrf=（smd，solvent=water）算单点能？ 二、高斯09 ，SMD模型下算好单点能后是不是取下面这个值 Total free energy in solution with all non electrostaticterms 减去气相中优化和频率计算结果文件中的 sum of electronic and thermal free energies 这个值 就是溶解自由能呢？ |
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9楼2014-03-06 15:32:50
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4楼2014-03-05 14:24:04
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Self-consistent PCM results =========================== <psi(0)| H |psi(0)> (a.u.) = -75.745970 <psi(0)|H+V(0)/2|psi(0)> (a.u.) = -75.755182 <psi(0)|H+V(f)/2|psi(0)> (a.u.) = -75.756689 <psi(f)| H |psi(f)> (a.u.) = -75.744201 <psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)> (a.u.) = -75.756711 Total free energy in solution: - with all non electrostatic terms (a.u.) = -75.755544 -------------------------------------------------------------------- (Unpolarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -5.78 (Polarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -7.85 Solute polarization (kcal/mol) = 1.11 Total electrostatic (kcal/mol) = -6.74 -------------------------------------------------------------------- SMD-CDS (non-electrostatic) energy (kcal/mol) = 0.73 Total non electrostatic (kcal/mol) = 0.73 DeltaG (solv) (kcal/mol) = -6.01 -------------------------------------------------------------------- 这是加溶剂后单点能的输出结果，取哪个值和气相的能量相减？ 请高手指点，谢谢！ |
5楼2014-03-05 15:53:54
