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luyang_982

新虫 (小有名气)

[求助] 溶剂化自由能 已有2人参与

想算一个物质在水中的溶剂化自由能(使用SMD模型),已经在气态中优化好该物质(优化的同时算频率)。接下来要算加上溶剂后的单点能。

一、        直接拿气态下优化好的分子加上scrf=(smd,solvent=water)算单点能
               还是需要在溶剂下重新优化好后,再加scrf=(smd,solvent=water)算单点能?



二、高斯09 ,SMD模型下算好单点能后是不是取下面这个值

  Total free energy in solution
  with all non electrostaticterms   

减去气相中优化和频率计算结果文件中的  sum of electronic and thermal free energies    这个值

就是溶解自由能呢?
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tcclab

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+2 2014-03-05 09:44:42
看看PCM 和 COSMO 的文章。
2楼2014-03-04 19:49:27
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2014-03-05 09:43:43
内容已删除
3楼2014-03-05 00:15:19
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luyang_982

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by cg陈 at 2014-03-05 00:15:19
1.直接拿气态下优化好的分子加上scrf=(smd,solvent=water)算单点能

2.对的。算单点能,加上dovacuum和exteriteration关键字,用于scrf中。

非常感谢你的回复,还有一个疑问:

在09的SMD模型下输出文件中的下面这一项

Total free energy in solution
  with all non electrostatic terms  

是只是非静电项的能量 还是静电和非静电能量都包含在里面了?

算溶剂化自由能的时候是不是只用这个值减去气相的能量就行了?
4楼2014-03-05 14:24:04
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luyang_982

新虫 (小有名气)

Self-consistent PCM results
===========================
<psi(0)|   H    |psi(0)>                     (a.u.) =     -75.745970
<psi(0)|H+V(0)/2|psi(0)>                     (a.u.) =     -75.755182
<psi(0)|H+V(f)/2|psi(0)>                     (a.u.) =     -75.756689
<psi(f)|   H    |psi(f)>                     (a.u.) =     -75.744201
<psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)>                     (a.u.) =     -75.756711
Total free energy in solution:
- with all non electrostatic terms           (a.u.) =     -75.755544
--------------------------------------------------------------------
(Unpolarized solute)-Solvent             (kcal/mol) =      -5.78
(Polarized solute)-Solvent               (kcal/mol) =      -7.85
Solute polarization                      (kcal/mol) =       1.11
Total electrostatic                      (kcal/mol) =      -6.74
--------------------------------------------------------------------
SMD-CDS (non-electrostatic) energy       (kcal/mol) =       0.73
Total non electrostatic                  (kcal/mol) =       0.73
DeltaG (solv)                            (kcal/mol) =      -6.01
--------------------------------------------------------------------
这是加溶剂后单点能的输出结果,取哪个值和气相的能量相减?
请高手指点,谢谢!
5楼2014-03-05 15:53:54
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

哎 这个值就是deltaG 这一项给出的结果

Total free energy in solution with all non electrostatic terms  全部包含了 减去气相下的单点能就可以了
6楼2014-03-05 16:23:34
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luyang_982

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by cg陈 at 2014-03-05 16:23:34
哎 这个值就是deltaG 这一项给出的结果

Total free energy in solution with all non electrostatic terms  全部包含了 减去气相下的单点能就可以了

不好意思啊,你的意思是不是溶剂化自由能就是deltaG的值?

我用液相单点能减气相单点能得到的得数和deltaG值是一样的?

7楼2014-03-05 16:44:28
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
luyang_982: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2014-03-06 15:33:31
没错 就是这个值
连续介质模型中,如SMD模型,其溶剂化能定义就是:
detaG = (Esoln + Gnes) - Ggas
括号中就是对应的Total free energy in solution with all non electrostatic terms  
Ggas就是气相下的溶质的单点能
8楼2014-03-06 08:42:09
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luyang_982

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by cg陈 at 2014-03-06 08:42:09
没错 就是这个值
连续介质模型中,如SMD模型,其溶剂化能定义就是:
detaG = (Esoln + Gnes) - Ggas
括号中就是对应的Total free energy in solution with all non electrostatic terms  
Ggas就是气相下的溶质 ...

非常感谢你的耐心解答!
9楼2014-03-06 15:32:50
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