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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 弱弱的问一个PCR的问题，关于鉴定菌种的
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na466433306

金虫 (小有名气)

[交流] 弱弱的问一个PCR的问题，关于鉴定菌种的

最近想要检测某样品中几个菌种的存在性，我知道要设计特异性引物进行PCR，但这个引物是怎么设计呢？
是说找到这个菌种的特征性基因吗？
还是说在NCBI中找出这个菌种的几个已报道的基因序列，找到保守区什么的呢？
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1楼 2014-01-06 09:49:43
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lf6220

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by na466433306 at 2014-01-06 10:20:39
不是这个意思呢，这个引物的目的是p出特定菌种的序列，如果有条带就代表这个样品中有这个菌种，没有条带就代表没有这个菌种...

16S RNA的V3或V6,随便设计扩増200-300bp的引物就可以了，pcr-dgge不就这样吗，下文献看看

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4楼2014-01-06 12:58:12
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lf6220

至尊木虫 (著名写手)
★
na466433306(金币+1): 谢谢参与
直接27f和1492r

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2014-01-06 09:54:37
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na466433306

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lf6220 at 2014-01-06 09:54:37
直接27f和1492r

不是这个意思呢，这个引物的目的是p出特定菌种的序列，如果有条带就代表这个样品中有这个菌种，没有条带就代表没有这个菌种
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3楼2014-01-06 10:20:39
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zhang1xin

新虫 (小有名气)
★
na466433306(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by lf6220 at 2014-01-06 12:58:12
16S RNA的V3或V6,随便设计扩増200-300bp的引物就可以了，pcr-dgge不就这样吗，下文献看看
...

楼上说的是找到这个菌的16s RNA 的V3或V6区吗？
我当时对我想要的菌进行了16s rDNA测序，能不能根据这个测序结果找到它的V3或V6区？
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6楼2014-08-05 20:32:47
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