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na466433306

金虫 (小有名气)


[交流] 弱弱的问一个PCR的问题,关于鉴定菌种的

最近想要检测某样品中几个菌种的存在性,我知道要设计特异性引物进行PCR,但这个引物是怎么设计呢?
是说找到这个菌种的特征性基因吗?
还是说在NCBI中找出这个菌种的几个已报道的基因序列,找到保守区什么的呢?
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lf6220

至尊木虫 (著名写手)



na466433306(金币+1): 谢谢参与
直接27f和1492r

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-01-06 09:54:37
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na466433306

金虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by lf6220 at 2014-01-06 09:54:37
直接27f和1492r

不是这个意思呢,这个引物的目的是p出特定菌种的序列,如果有条带就代表这个样品中有这个菌种,没有条带就代表没有这个菌种
3楼2014-01-06 10:20:39
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lf6220

至尊木虫 (著名写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by na466433306 at 2014-01-06 10:20:39
不是这个意思呢,这个引物的目的是p出特定菌种的序列,如果有条带就代表这个样品中有这个菌种,没有条带就代表没有这个菌种...

16S RNA的V3或V6,随便设计扩増200-300bp的引物就可以了,pcr-dgge不就这样吗,下文献看看

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-01-06 12:58:12
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zhang1xin

新虫 (小有名气)



na466433306(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by lf6220 at 2014-01-06 12:58:12
16S RNA的V3或V6,随便设计扩増200-300bp的引物就可以了,pcr-dgge不就这样吗,下文献看看
...

楼上说的是找到这个菌的16s RNA 的V3或V6区吗?
我当时对我想要的菌进行了16s rDNA测序,能不能根据这个测序结果找到它的V3或V6区?
6楼2014-08-05 20:32:47
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bohelv

铜虫 (初入文坛)



na466433306(金币+1): 谢谢参与
我最近也在做相关工作,同问~
7楼2016-01-06 21:12:38
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简单回复
2014-01-06 22:22   回复  
na466433306(金币+1): 谢谢参与
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