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broken1999木虫 (正式写手)
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合并pdb和psf报错 已有2人参与
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各位大侠好，请教一个问题： 我自己写了一个用于NAMD的top文件，针对氢气、氮气、甲烷和二氧化碳 我想把这几种气体的pdb文件和psf文件合并成一个总的pdb和psf topology top.inp readpsf co2.psf coordpdb co2.pdb 然后就报错 psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom CST CO2:1 CO2 psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom OST CO2:1 CO2 ......................... ......................... psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom OST CO2:120 CO2 怎么解决这个问题呢？ |
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5楼2013-12-26 10:30:28
lyfxie8607
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2楼2013-12-26 08:50:27
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3楼2013-12-26 09:17:53
【答案】应助回帖
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broken1999: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 最佳答案！ 2013-12-27 22:21:31
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broken1999: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 最佳答案！ 2013-12-27 22:21:31
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1、你需要知道几个概念的区别以及在PDB和PSF 文件中的位置： name type resname resid segname 2、两个PSF pdb文件中含有相同的segname时会报错 同一个resid 内name相同也会错 。 。 。 。 to 2 楼 lyfxie8607 分子重叠了在合并的时候，还真不会报错。合并之后还可以调节分子之间的距离，用 moveby 命令。如何有重叠而不调节，在模拟的时候肯定出错。 |
4楼2013-12-26 10:29:18
