| 查看: 924 | 回复: 4 | ||
broken1999木虫 (正式写手)
|
[求助]
合并pdb和psf报错 已有2人参与
|
|
各位大侠好，请教一个问题： 我自己写了一个用于NAMD的top文件，针对氢气、氮气、甲烷和二氧化碳 我想把这几种气体的pdb文件和psf文件合并成一个总的pdb和psf topology top.inp readpsf co2.psf coordpdb co2.pdb 然后就报错 psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom CST CO2:1 CO2 psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom OST CO2:1 CO2 ......................... ......................... psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom OST CO2:120 CO2 怎么解决这个问题呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
【博士招生】太原理工大学2026化工博士
已经有4人回复
-
什么是人一生最重要的？
已经有5人回复
-
280求调剂
已经有3人回复
-
网上报道青年教师午睡中猝死、熬夜猝死的越来越多，主要哪些原因引起的？
已经有8人回复
-
面上可以超过30页吧？
已经有11人回复
-
版面费该交吗
已经有15人回复
-
体制内长辈说体制内绝大部分一辈子在底层，如同你们一样大部分普通教师忙且收入低
已经有18人回复
-
为什么中国大学工科教授们水了那么多所谓的顶会顶刊，但还是做不出宇树机器人？
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- workbench计算报错
已经有4人回复
- 用oniom方法优化六肽的二聚体，结果报错 求指导
已经有6人回复
- gromacs 添加新的力场pdb2gmx报错
已经有5人回复
- VMD中如何将两个pdb文件合成一个新的pdb文件?
已经有14人回复
- fluent中autosave同时cas和dat，但关闭后重新读取这一cas和dat，就报错
已经有4人回复
- 如何做二肽的pdb和psf文件，望高手赐教，急急。
已经有5人回复
- 将蛋白质和碳纳米管的pdb和psf文件合并为一后，怎么控制它们之间的距离呢？
已经有3人回复
- 【求助】无法生成环糊精的psf文件
已经有4人回复
- 【求助】如何合并文件 pdb psf
已经有4人回复
- 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗
已经有22人回复
- 【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
- 【求助】水盒子问题
已经有17人回复
- 【求助】namd和vmd就只能识别.pdb.psf.coor.vel等文件吗
已经有6人回复
lyfxie8607
木虫 (著名写手)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 6419.5
- 散金: 3081
- 红花: 17
- 帖子: 1774
- 在线: 568.3小时
- 虫号: 611974
- 注册: 2008-09-25
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
2楼2013-12-26 08:50:27
broken1999
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 2167.4
- 散金: 464
- 红花: 6
- 帖子: 560
- 在线: 281.9小时
- 虫号: 1128677
- 注册: 2010-10-21
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-12-26 09:17:53
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
broken1999: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 最佳答案！ 2013-12-27 22:21:31
感谢参与，应助指数 +1
broken1999: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 最佳答案！ 2013-12-27 22:21:31
|
1、你需要知道几个概念的区别以及在PDB和PSF 文件中的位置： name type resname resid segname 2、两个PSF pdb文件中含有相同的segname时会报错 同一个resid 内name相同也会错 。 。 。 。 to 2 楼 lyfxie8607 分子重叠了在合并的时候，还真不会报错。合并之后还可以调节分子之间的距离，用 moveby 命令。如何有重叠而不调节，在模拟的时候肯定出错。 |
4楼2013-12-26 10:29:18
5楼2013-12-26 10:30:28