24小时热门版块排行榜    

查看: 1275  |  回复: 0

tim562944200

金虫 (小有名气)

[求助] MS建模msi2lmp转化得到data文件,一些疑问

用MS建模后用msi2lmp工具转化得到了lammps 的data文件,产生了一些疑问,data文件中显示了
   3 atom types
   4 bond types
   7 angle types
   7 dihedral types
然后下边有这些的具体参数,
Pair Coeffs

   1   0.0389999952   3.8754094636
   2   0.0389999952   3.8754094636
   3   0.0380000011   2.4499714540

Bond Coeffs

  1   322.7158     1.5260
  2   340.6175     1.1050
  3   340.6175     1.1050
  4   322.7158     1.5260

Angle Coeffs

  1    44.4000   110.0000
  2    39.5000   106.4000
  3    44.4000   110.0000
  4    46.6000   110.5000
  5    39.5000   106.4000
  6    44.4000   110.0000
  7    46.6000   110.5000

Dihedral Coeffs

  1     0.1581   1   3
  2     0.1581   1   3
  3     0.1581   1   3
  4     0.1581   1   3
  5     0.1581   1   3
  6     0.1581   1   3
  7     0.1581   1   3

Atoms

      1      1   1 -0.159000     6.997875366    11.586652204    54.557198467   0   0   0
      2      1   2 -0.106000     7.955281715    11.850127996    53.393961800   0   0   0
      3      1   3  0.053000     7.388256974    10.793986488    55.214826641   0   0   0
      4      1   3  0.053000     6.010861410    11.265345244    54.188631170   0   0   0
我想搞清楚这些参数具体定义什么参数,阅读了lammps manual说是需要根据in文件中angle_coeff等相关命令的定义来确定,可是我转化为data文件就已经有了这些参数,并没有写in文件,所以我不清楚的是data文件body中这些参数具体指的什么,举例:
Atoms

      1        1         1               -0.159000     6.997875366    11.586652204    54.557198467   0    0    0
  原子ID   ?   原子类型             ?                  x坐标                y坐标               z坐标              nx  ny  nz

Pair Coeffs

   1    0.0389999952   3.8754094636
                ?                            ?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学

» 猜你喜欢

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子,希望有用哦~

科研从小木虫开始,人人为我,我为人人
相关版块跳转 我要订阅楼主 tim562944200 的主题更新
信息提示
请填处理意见