24小时热门版块排行榜    

查看: 2516  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

jbj1001

银虫 (小有名气)

[求助] 诡异的qPCR结果,请大家帮忙解释下

样品是小鼠的二细胞胚胎,做GAPDH的标准曲线,出现的结果让我很困惑。用的是ABI的Arcturus® PicoPure™ RNA Isolation Kit,号称能够提取单个细胞的RNA,但由于由于收集的胚胎不多,所以提取的RNA的量还是比较少的,大约有40多ng在10ul反转录体系里面。今天做标准曲线时取了其中的3.5ul先稀释10倍到35ul,然后依次按照5倍的梯度稀释。实时定量PCR用的试剂盒是TAKARA的DRR820,机器是ABI7500。

看完附图后,我的问题是
1.        为什么625、125倍浓度的扩增曲线在一开始就出现峰,而ct值也分别只有15、25左右?
2.        我以5倍浓度的梯度稀释,为什么ct值会相差10左右?
3.        忽略掉最低两个浓度后的标准曲线slope:-12.24,Y-inter:55.271,R2:0.998,EFF%:17.551,这正常吗?
诡异的qPCR结果,请大家帮忙解释下
标准曲线.png


诡异的qPCR结果,请大家帮忙解释下-1
最后两个浓度去掉以后的标曲.png


诡异的qPCR结果,请大家帮忙解释下-2
625倍浓度(最高浓度)的扩增曲线.png


诡异的qPCR结果,请大家帮忙解释下-3
125倍浓度的扩增曲线.png


诡异的qPCR结果,请大家帮忙解释下-4
25倍浓度的扩增曲线.png


诡异的qPCR结果,请大家帮忙解释下-5
5倍浓度的扩增曲线.png
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沙门小rna

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jbj1001 at 2013-11-07 10:03:11
产物没有跑电泳,但是溶解曲线是单峰。换了牛细胞的样品做的GAPDH标准曲线很好。这个是小鼠的GAPDH,还做了小鼠的另外一个基因的,也是和这个一样的。...

首先无语的结果
然后。。。。。光从现象上解释就是你一开始就有很强的荧光强度,感觉后面ct阈值相似了。是不是样本没冰上弄啊?还是什么别的原因,光看图分析是无解。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

应助之星就是我~没错。你没有看错~
5楼2013-11-07 10:33:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

匿名

用户注销 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jbj1001: 金币+10, 有帮助 2013-11-05 00:15:34
本帖仅楼主可见
2楼2013-11-05 00:13:13
已阅   申请MolEPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

沙门小rna

金虫 (正式写手)

扩增效率怎么那么低呢。你体系有问题啊。ct一般18-30之间比较好。太高太低都不行。效率最好是100%但是不可能达到。但是17%太低了。刚开始就达到峰值我估摸是你非特性扩增吧。是不是引物么有选好。建议你把产物跑一个电泳看看条带是否是你要的。~
应助之星就是我~没错。你没有看错~
3楼2013-11-05 14:42:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jbj1001

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 沙门小rna at 2013-11-05 14:42:41
扩增效率怎么那么低呢。你体系有问题啊。ct一般18-30之间比较好。太高太低都不行。效率最好是100%但是不可能达到。但是17%太低了。刚开始就达到峰值我估摸是你非特性扩增吧。是不是引物么有选好。建议你把产物跑一个 ...

产物没有跑电泳,但是溶解曲线是单峰。换了牛细胞的样品做的GAPDH标准曲线很好。这个是小鼠的GAPDH,还做了小鼠的另外一个基因的,也是和这个一样的。
4楼2013-11-07 10:03:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +3 西山十月 2026-08-09 4/200 2026-08-09 22:38 by 西山十月
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 5/250 2026-08-08 21:54 by 13586093586
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 5/250 2026-08-08 17:02 by oEVWOejN9taj
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 5/250 2026-08-08 16:47 by oEVWOejN9taj
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:27 by oEVWOejN9taj
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:02 by oEVWOejN9taj
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 5/250 2026-08-08 15:59 by oEVWOejN9taj
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:39 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:22 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:07 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:01 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
信息提示
请填处理意见