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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 新种鉴定时参考菌株的选择
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myapple1989

铁虫 (小有名气)

[求助] 新种鉴定时参考菌株的选择

在放线菌新种鉴定时需要选择参考菌株做多项分类研究，问题是这个参考菌株一般选择几株比较合适，是选择比对时相似度比较高的菌株做参考菌株，还是选择建系统发育树时聚到一起的，我查看了好多论文，不同的人选择的情况都不一样，还望大神给予解答，谢谢！！
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1楼 2013-10-25 16:01:20
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niyq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助！ 2013-10-29 20:36:27
相似度比较高的菌株，你指的啥相似，生理的还是16
s的，序列月相似的在进化树上应该汇聚在一起，总体上生理数据和分子数据应该会有一致性，所以选同一个属相近种的菌株，你要是不确定那就越多越好
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2楼2013-10-26 16:58:55
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myapple1989

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by niyq at 2013-10-26 16:58:55
相似度比较高的菌株，你指的啥相似，生理的还是16
s的，序列月相似的在进化树上应该汇聚在一起，总体上生理数据和分子数据应该会有一致性，所以选同一个属相近种的菌株，你要是不确定那就越多越好

我指的是16S相似性，比对时相似度高的，建树时没能聚到一块，这种情况下应该怎样选择参考菌株呀
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3楼2013-10-28 19:39:51
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niyq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zhang8826857: 金币+1, 鼓励交流 2013-10-29 23:13:31
我认为你的进化树间的也有点问题，你想想假如100的相似，你认为进化树树上会有不在一起的可能吗，把比对后的空位去除，再试试看结果
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4楼2013-10-29 15:09:54
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Miss_33310

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by myapple1989 at 2013-10-28 19:39:51
我指的是16S相似性，比对时相似度高的，建树时没能聚到一块，这种情况下应该怎样选择参考菌株呀...

这个应该不常出现吧 是不是画树的时候操作有误了？
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5楼2013-10-30 09:08:30
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myapple1989

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by niyq at 2013-10-29 15:09:54
我认为你的进化树间的也有点问题，你想想假如100的相似，你认为进化树树上会有不在一起的可能吗，把比对后的空位去除，再试试看结果

同时鉴定两株菌的情况都一样，我也让有经验的人帮忙看了下，建树的步骤没有问题的
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6楼2013-10-31 14:12:30
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myapple1989

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Miss_33310 at 2013-10-30 09:08:30
这个应该不常出现吧 是不是画树的时候操作有误了？...

同时对两株菌进行鉴定时都出现了同样的情况
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7楼2013-10-31 14:13:23
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

又是放线菌，我是李文均老师团队的，请上图。帮你定

[ 发自小木虫客户端 ]
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8楼2013-11-01 00:23:23
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by Miss_33310 at 2013-10-30 09:08:30
这个应该不常出现吧 是不是画树的时候操作有误了？...

这个经常出现，尤其是放线菌。

[ 发自小木虫客户端 ]
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9楼2013-11-01 00:24:53
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myapple1989

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by dllchina at 2013-11-01 00:24:53
这个经常出现，尤其是放线菌。
...

现在问题解决了，顺便问下在鉴定新种时参考菌株一般选择几个比较合适，谢谢！
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10楼2013-11-01 15:44:30
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