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myapple1989

铁虫 (小有名气)

[求助] 新种鉴定时参考菌株的选择

在放线菌新种鉴定时需要选择参考菌株做多项分类研究,问题是这个参考菌株一般选择几株比较合适,是选择比对时相似度比较高的菌株做参考菌株,还是选择建系统发育树时聚到一起的,我查看了好多论文,不同的人选择的情况都不一样,还望大神给予解答,谢谢!!
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niyq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助! 2013-10-29 20:36:27
相似度比较高的菌株,你指的啥相似,生理的还是16
s的,序列月相似的在进化树上应该汇聚在一起,总体上生理数据和分子数据应该会有一致性,所以选同一个属相近种的菌株,你要是不确定那就越多越好
2楼2013-10-26 16:58:55
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myapple1989

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by niyq at 2013-10-26 16:58:55
相似度比较高的菌株,你指的啥相似,生理的还是16
s的,序列月相似的在进化树上应该汇聚在一起,总体上生理数据和分子数据应该会有一致性,所以选同一个属相近种的菌株,你要是不确定那就越多越好

我指的是16S相似性,比对时相似度高的,建树时没能聚到一块,这种情况下应该怎样选择参考菌株呀
3楼2013-10-28 19:39:51
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niyq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


zhang8826857: 金币+1, 鼓励交流 2013-10-29 23:13:31
我认为你的进化树间的也有点问题,你想想假如100的相似,你认为进化树树上会有不在一起的可能吗,把比对后的空位去除,再试试看结果
4楼2013-10-29 15:09:54
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Miss_33310

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by myapple1989 at 2013-10-28 19:39:51
我指的是16S相似性,比对时相似度高的,建树时没能聚到一块,这种情况下应该怎样选择参考菌株呀...

这个应该不常出现吧 是不是画树的时候操作有误了?
5楼2013-10-30 09:08:30
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myapple1989

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by niyq at 2013-10-29 15:09:54
我认为你的进化树间的也有点问题,你想想假如100的相似,你认为进化树树上会有不在一起的可能吗,把比对后的空位去除,再试试看结果

同时鉴定两株菌的情况都一样,我也让有经验的人帮忙看了下,建树的步骤没有问题的
6楼2013-10-31 14:12:30
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myapple1989

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Miss_33310 at 2013-10-30 09:08:30
这个应该不常出现吧 是不是画树的时候操作有误了?...

同时对两株菌进行鉴定时都出现了同样的情况
7楼2013-10-31 14:13:23
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

又是放线菌,我是李文均老师团队的,请上图。帮你定

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2013-11-01 00:23:23
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by Miss_33310 at 2013-10-30 09:08:30
这个应该不常出现吧 是不是画树的时候操作有误了?...

这个经常出现,尤其是放线菌。

[ 发自小木虫客户端 ]
9楼2013-11-01 00:24:53
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myapple1989

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by dllchina at 2013-11-01 00:24:53
这个经常出现,尤其是放线菌。
...

现在问题解决了,顺便问下在鉴定新种时参考菌株一般选择几个比较合适,谢谢!
10楼2013-11-01 15:44:30
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