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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AutoDock大分子问题
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625915317

金虫 (初入文坛)

[求助] AutoDock大分子问题

新手求助：从蛋白质数据库里下载的大分子是不是不能直接用到AutoDock中做分子对接？要做哪些处理？怎么做？详细点，谢谢大家帮忙
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1楼 2013-10-18 10:21:00
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
625915317: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-10-25 16:56:41
你在论坛里搜索下，会有很多ADT的教程的
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  • 附件 1 : [emuch.net]AutoDock_ADT教程_AutoDockTools_分子对接_中文.pdf
    • 2013-10-18 10:52:53, 6.15 M
努力，不放弃
2楼2013-10-18 10:53:22
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wuyao0513

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
应该可以的，好像还需要模板的！！具体还得问问高手怎么操作~~
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3楼2013-10-18 12:21:03
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
625915317: 金币+1, ★有帮助 2013-10-25 16:56:55
赋予AD原子类型，加氢、加电荷，合并非极性氢。

当然，如果有水分子，磷酸等杂分子，你又不需要，还需要去掉。
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4楼2013-10-18 15:44:45
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
625915317: 金币+1, ★有帮助 2013-10-25 16:57:05
需要处理的很多
比如聚体蛋白需要删除多余的亚基，晶体水分子要删除，配体要删除
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5楼2013-10-18 21:14:53
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625915317

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wuyao0513 at 2013-10-18 12:21:03
应该可以的，好像还需要模板的！！具体还得问问高手怎么操作~~

谢谢你
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6楼2013-10-19 17:31:03
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625915317

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-18 15:44:45
赋予AD原子类型，加氢、加电荷，合并非极性氢。

当然，如果有水分子，磷酸等杂分子，你又不需要，还需要去掉。

请问有没有具体的操作步骤，新手都不懂呀
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7楼2013-10-19 17:31:40
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625915317

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by longytu at 2013-10-18 21:14:53
需要处理的很多
比如聚体蛋白需要删除多余的亚基，晶体水分子要删除，配体要删除

请问有没有具体的操作步骤，新手不懂怎么做
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8楼2013-10-19 17:32:21
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625915317

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 紫漠残星 at 2013-10-18 10:53:22
你在论坛里搜索下，会有很多ADT的教程的

下载下来的大分子按此操作 出现错误呀
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9楼2013-10-19 17:32:55
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 625915317 at 2013-10-19 17:32:55
下载下来的大分子按此操作 出现错误呀...

什么错误？你要发上来错误提示我们才有可能帮你解决啊
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努力，不放弃
10楼2013-10-20 11:20:32
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