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963979587

银虫 (初入文坛)

[求助] 实时荧光定量pcr,cDNA的加入量会影响结果的准确度吗?

大家好,最近一直做荧光定量pcr,20ul体系中3ug的rna反转录得到的cDNA,取4ul作为pcr的模板,10ul EvaGreen,4ul引物,2ulRNas水,这个体系可以得到挺好的结果,但是溶解曲线的温度在77°,不知道是不是引物二聚体,而且我觉得模板的量加的太多了,实验不能重复,一次就用光了,不知道是不是应该稀释一下?
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taccycle

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1、把cDNA稀释10倍的话其Ct值才增大3.2左右,只要你的Ct最后能落在33以内机器检测的准确度就没有什么影响,所以只要你目的基因的Ct值在30以内,你就可以大胆放心的稀释,你可以先稀释5倍测试一下。
2、检测有没有引物二聚体你可以配一个3%的琼脂糖胶把PCR产物跑一个电泳,选择一个合适的Marker,比如DL500,引物二聚体一般都小于100bp,如果只有一条size正确的条带,那就说明没有引物二聚体
3、Tm值不能说明这个峰是不是引物二聚体,我的目的条带的Tm有的只有75℃
4、模板用量不会影响定量结果(只要不是那种极端用量),这是理论上决定的,就算有影响也是微乎其微的
用心
13楼2013-10-16 16:24:57
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-10-15 10:27:19
你的模板用量不是一般的大。通常情况下是用1μg RNA反转录后稀释5倍后取1μl做模板。把熔解曲线图发上来看看。CT值是多少?是否在15-30之间?
2楼2013-10-14 22:31:01
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asr

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-10-15 10:27:28
20ul体系中3ug的rna反转录得到的cDNA,取4ul作为pcr的模板  

量明显太高了,先摸摸条件呀
思想极度邪恶,勿怕勿怪!\(^o^)/~
3楼2013-10-14 23:29:42
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963979587

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-10-14 22:31:01
你的模板用量不是一般的大。通常情况下是用1μg RNA反转录后稀释5倍后取1μl做模板。把熔解曲线图发上来看看。CT值是多少?是否在15-30之间?

目的基因VCAM的CT值在25个循环左右,GAPDH在19个循环这儿,基本上都有平台期,
4楼2013-10-15 10:20:26
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