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963979587

银虫 (初入文坛)

[求助] 实时荧光定量pcr,cDNA的加入量会影响结果的准确度吗?

大家好,最近一直做荧光定量pcr,20ul体系中3ug的rna反转录得到的cDNA,取4ul作为pcr的模板,10ul EvaGreen,4ul引物,2ulRNas水,这个体系可以得到挺好的结果,但是溶解曲线的温度在77°,不知道是不是引物二聚体,而且我觉得模板的量加的太多了,实验不能重复,一次就用光了,不知道是不是应该稀释一下?
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taccycle

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1、把cDNA稀释10倍的话其Ct值才增大3.2左右,只要你的Ct最后能落在33以内机器检测的准确度就没有什么影响,所以只要你目的基因的Ct值在30以内,你就可以大胆放心的稀释,你可以先稀释5倍测试一下。
2、检测有没有引物二聚体你可以配一个3%的琼脂糖胶把PCR产物跑一个电泳,选择一个合适的Marker,比如DL500,引物二聚体一般都小于100bp,如果只有一条size正确的条带,那就说明没有引物二聚体
3、Tm值不能说明这个峰是不是引物二聚体,我的目的条带的Tm有的只有75℃
4、模板用量不会影响定量结果(只要不是那种极端用量),这是理论上决定的,就算有影响也是微乎其微的
用心
13楼2013-10-16 16:24:57
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taccycle

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by 963979587 at 2013-10-16 21:00:38
谢谢啊,我跑电泳使用1%的琼脂糖,还从来没有跑出来过,mark只有2000bp的,不敢再买别的了,我想知道是不是我的rna质量太差了,OD260/OD230都小于1,这样会不会影响实验结果?我的电泳都没有跑出来过条带,不管是rn ...

RNA电泳的话要用1%的胶和那个2000的Marker,如果没有电泳条带就说明你的RNA浓度有点低,那你反转录的时候可以多用点RNA,同时相应减少体系中水的用量。1%的胶不适合用来检测短片段,你至少配制个2%的胶,这样用2000的Marker也可以的
用心
18楼2013-10-17 11:25:18
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