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筛到一个菌,如何做进化树?
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coldplay5
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筛到一个菌,如何做进化树?
鉴定出来的是26s rDNA,是一株酵母菌,如何做进化树啊?现在只有序列,如何从这一步开始,做到进化树。求大神帮助,步骤越详细越好啊!对这方面一窍不通
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1楼
2013-09-25 18:50:25
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2楼
:
Originally posted by
yangdayuan
at 2013-09-26 15:04:27
把你的序列放到NCBI或者韩国的一个网站上对比,会有很多跟你的鉴定出来的相似的菌株序列出来,把这些考到进化树分析软件(MEGA)上,按照软件的使用程序来做,进化树就出来了。我还是好几年前做菌株鉴定的时候做过, ...
做出来很不好看,同源性太高?
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3楼
2013-09-26 18:20:20
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yangdayuan
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2013-09-26 15:20:15
把你的序列放到NCBI或者韩国的一个网站上对比,会有很多跟你的鉴定出来的相似的菌株序列出来,把这些考到进化树分析软件(MEGA)上,按照软件的使用程序来做,进化树就出来了。我还是好几年前做菌株鉴定的时候做过,现在只记得大概程序,
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2楼
2013-09-26 15:04:27
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yangdayuan
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流
2013-09-27 15:10:30
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3楼
:
Originally posted by
coldplay5
at 2013-09-26 18:20:20
做出来很不好看,同源性太高?...
跟它在一只的有好几个吗,软件的参数设计都正常的吗,还有就是你在将菌株序列放到mega软件的比对的时候,有没有把前面的没有的剪切对齐的啊,应该可以应该可以做到跟一个菌在一个小分支上的
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4楼
2013-09-27 14:23:39
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