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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 如何用MS6.0为分子添加电荷
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huachao90

禁虫 (正式写手)
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1楼 2013-09-22 09:09:49
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Voland

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huachao90: 金币+3, ★有帮助, 继续追加的奥，大哥 2013-09-22 13:57:12
给原子赋电荷的话，点击原子然后在View的Property窗口栏下的Charge处可以调整原子电荷……如果你是说整体赋予某个电荷的话，在Edit的Charge处。
分子溶剂环境的话，我印象中只有DMol3可以在输出文件中加入COSMOS字段调整，目前没有发现其他办法……Gaussian的话，溶剂化一般用于调整能量，几何优化非常不易收敛。看你具体要拿溶剂环境来干啥咯……
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Yağma！Yağma！Yağma！
2楼2013-09-22 12:40:14
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huachao90

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
3楼2013-09-22 13:56:51
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Voland

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huachao90 at 2013-09-22 13:56:51
比如创建一定浓度的NACL溶液环境，用MS6.0创建，具体操作能说的清楚一点不，大哥，还有如何添加电势，比如添加两层分子之间的电势差...

离子溶液？这个我没有做过……建议继续求助……
我考虑了一下，首先这种溶剂是水，如果你必须要追加离子的话，大概有两种方法。
1. 用Adsorption Location使用模拟退火方法，将Na+和Cl-以L-J-6-12公式引入，然后再在DMol3上追加COSMOS关键字进行H2O的几何优化。
2. 用Blend直接建立一个带Na+、Cl-、H2O的晶格（你用Blend里面的Construct吧），然后这即是溶剂环境下的一个格子。（不过这个方法追加NaCl水溶液里面的某一种周期性结构比如沸石，不太合适）
以上是我猜想的结果，可信度值得商榷。请LZ谨慎。
关于DMol3追加COSMOS的文件见附件。
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  • 附件 1 : Dmol3考虑溶剂化效应.docx
    • 2013-09-22 21:26:42, 229.64 K
Yağma！Yağma！Yağma！
4楼2013-09-22 21:26:50
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Voland

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by huachao90 at 2013-09-22 13:56:51
比如创建一定浓度的NACL溶液环境，用MS6.0创建，具体操作能说的清楚一点不，大哥，还有如何添加电势，比如添加两层分子之间的电势差...

……啊，怎么感觉你好像是在做什么异相的东西一样……？
追加电势……个人以为，由于U=Q/C，首先你可以确定两层分子各自所带的电荷，如果你有条件算到每个原子的电荷，那就每个原子赋电荷值，如果没有只知道宏观，那你可以考虑分子层整体赋电荷值，然后用QEq算得每个原子的电荷（不精确，不推荐，在Edit-Charge那里算），电容的话，既然你知道你的溶液种类这也不难，C=εS/4πkd，如果你知道S和d最好咯……也就是分子层的面积和分子层间的距离，于是我觉得也就从表观上从电荷角度赋予了电压，当你认定某层分子是零电势时，其他的应该可以算出来吧。
当然你要是觉得，只需要电势值，电压对你的研究没有意义……抱歉我不知道怎么做，你可以继续求助。
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Yağma！Yağma！Yağma！
5楼2013-09-22 21:38:37
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agou

金虫 (正式写手)
你好，你们那位好心人能发给我一份MS6.0的安装文件吗？然后去这个贴子应助下，我给你们金币。谢谢http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6394553&fpage=1
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小木虫三戒总理事
6楼2013-09-23 20:14:21
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mantou满

铁虫 (初入文坛)
不知道楼主的NaCl溶液有没有加进去，因为我也在做这个东西，要加离子溶液，正发愁怎么加呢，能否指导一下 ？感谢~
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生活不易吖。。。。
7楼2014-04-28 15:49:50
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