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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】Materials studio 如何求分子间质心距离，谢谢
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hbywl

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Materials studio 如何求分子间质心距离，谢谢

小弟用Materials studio中discover模块作分子动力学，要求两个分子的质心距离随模拟时间的图，如何求啊，不胜感激。

[ Last edited by hbywl on 2011-1-11 at 19:02 ]
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1楼2011-01-11 13:14:42
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winterz

木虫 (小有名气)
★
hbywl(金币+1):谢谢 2011-01-11 19:00:55
zh1987hs(金币+1):谢谢 2011-01-11 22:42:13
引用回帖:
Originally posted by hbywl at 2011-01-11 13:14:42:
小弟用Materials studio  discover模块作分子动力学，要求两个分子的质心距离，如何求啊，不胜感激。

在MS里面选中一个分子，然后在“Properties”面板里选择“Molecule”，那个Center就是质心坐标。
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2楼2011-01-11 17:10:45
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qiaobo

金虫 (小有名气)
hbywl(金币+3): 2011-02-10 11:22:21
楼主解决了吗？我也想知道怎么求，可否告知？
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3楼2011-01-31 18:44:17
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hbywl

木虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-02-10 14:50:30
引用回帖:
Originally posted by qiaobo at 2011-01-31 18:44:17:
楼主解决了吗？我也想知道怎么求，可否告知？

我想求的是质心距离随时间变化的图。尚未解决，我放弃了。
你如果只求两个分子间质心距离，就先全选一个分子，然后在MS工具栏中找到一个centroid工具，点击即得到质心。然后同法找到另一分子质心。再在工具栏中找到Distance工具，就可以测量质心间距离了。
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4楼2011-02-10 11:35:15
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风吹雪下

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by hbywl at 2011-02-10 11:35:15
我想求的是质心距离随时间变化的图。尚未解决，我放弃了。
你如果只求两个分子间质心距离，就先全选一个分子，然后在MS工具栏中找到一个centroid工具，点击即得到质心。然后同法找到另一分子质心。再在工具栏中找 ...

楼主可不可以这样，吧你的每个轨迹都求一下，然后手动作曲线，原始方法、、、知道好方法请告知，楼主好人
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5楼2013-06-24 20:45:34
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pigrass

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

同意5楼观点
可以把轨迹文件导入table，一个个求
如果会pearl编程的话可以计算机算
不过我不会pearl
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6楼2013-06-25 15:14:10
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Lzp425496024

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
hbywl说的这个方法就可以我们一直在用
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7楼2013-06-26 08:19:41
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life俊美

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by winterz at 2011-01-11 17:10:45
在MS里面选中一个分子，然后在“Properties”面板里选择“Molecule”，那个Center就是质心坐标。...

楼主，如何在ms8.0中画出分子的质心呢?
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8楼2017-04-15 21:07:57
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life俊美

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by winterz at 2011-01-11 17:10:45
在MS里面选中一个分子，然后在“Properties”面板里选择“Molecule”，那个Center就是质心坐标。...

楼主，如何在ms8.0中画出分子的质心呢?
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9楼2017-04-15 21:08:07
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life俊美

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by winterz at 2011-01-11 17:10:45
在MS里面选中一个分子，然后在“Properties”面板里选择“Molecule”，那个Center就是质心坐标。...

如何在ms8.0中选中分子的质心呢？比如说苯
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10楼2017-04-15 21:10:05
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