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御剑飞行

铁杆木虫 (文坛精英)

三花聚顶是真修

[求助] 求各种分子对接用的蛋白质,

我自己学习SYBYL呢,目前在做分子对接,基本学会,那个对接的配体可以自己画,但是那个受体蛋白质从哪里弄呢?能从网上下载吗?下载的怎么弄进去啊?求各种练习用的蛋白质,最好是有配体的,就是我直接把配体提取出来,可以自己做练习的。谢谢各位大神。
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jjlex

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
御剑飞行: 金币+3, 有帮助 2013-09-23 12:07:42
蛋白的晶体结构数据到www.pdb.org下载。你也可以到一些基于pdb数据库的网站下载一定含有ligand的蛋白,例如www.bindingdb.org, www.pdbbind.org.cn, sw16.im.med.umich.edu/databases/pdbbind/‎ 等等
2楼2013-09-12 08:33:02
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★
御剑飞行: 金币+2, 有帮助 2013-09-23 12:07:50
pdb数据库中有很多蛋白结构晶体,有很多有配体的!你可以自己下载试试,推荐一个小软件Pymol,对前期处理蛋白结构很有帮助,如删除水分子、配体,突变氨基酸残基等功能
3楼2013-09-14 19:25:05
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御剑飞行

铁杆木虫 (文坛精英)

三花聚顶是真修

谢谢大家,我知道了。
魔佛妖僧怪和尚,声声句句鬼如来。
4楼2013-09-27 13:42:34
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dayong230

新虫 (正式写手)

求问楼主,怎么对接a?该选什么地方对接?

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5楼2017-10-25 23:46:59
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御剑飞行

铁杆木虫 (文坛精英)

三花聚顶是真修

引用回帖:
5楼: Originally posted by dayong230 at 2017-10-25 23:46:59
求问楼主,怎么对接a?该选什么地方对接?

这竟然是2013年,哎,这。。。时光荏苒,岁月如梭啊。

发自小木虫Android客户端
魔佛妖僧怪和尚,声声句句鬼如来。
6楼2017-10-26 08:48:20
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