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zhangbaocau

新虫 (小有名气)

[求助] 初学双向电泳图谱求助

图为真菌胞内蛋白双向电泳图,pH3-10 7cm 胶条,操作和等点聚焦条件等按bio-rad公司说的来得,等电聚焦程序设置
7cm胶条
水化                50V                        12-16小时(20℃)                        主动水化
S1                250V                线性                30分钟                                除盐
S2                500V                快速                30分钟                                除盐
S3                4000V                线性                3小时                                升压
S4                4000V                快速                20,000伏小时                聚焦
S5                500V                快速                任意时间                        保持
        选择所放置的胶条数。
        设置每根胶条的极限电流。(30-50mA/根)
        设置等电聚焦时的温度。(20℃)
SDS电泳,70V,10min,150v,2h.
图谱不好,求高手指点,谢谢!
初学双向电泳图谱求助
IMG_6548.jpg
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yimingwang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-09-11 11:47:17
产生这个的问题是第一向没有分开。蛋白聚焦不够所以2D的时候看到这样的图谱。建议你增加电压,至少8000v,延长时间。这样,在一维上蛋白聚焦足够好以后,才能在二维上看到点状的,而不是带状的图谱。
Let'sdoit.
2楼2013-09-08 00:18:15
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zhangbaocau

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yimingwang at 2013-09-08 00:18:15
产生这个的问题是第一向没有分开。蛋白聚焦不够所以2D的时候看到这样的图谱。建议你增加电压,至少8000v,延长时间。这样,在一维上蛋白聚焦足够好以后,才能在二维上看到点状的,而不是带状的图谱。

等点聚焦条件等按bio-rad公司说的来得,他写7cm胶条
不是4000v吗???要8000v啊??我一直以为是样品制备的原因??
3楼2013-09-08 22:12:16
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhangbaocau(kx444555代发): 金币+5, 鼓励交流 2013-09-11 11:47:30
显然横纹众多,应该是聚焦不完全。
一般的和普遍的原因与对策:
1.样品没有完全溶解,上样前确保样品完全溶解并且保持稳定。
2.样品中存在干扰IEF的物质存在,改进样品制备方法,可用分子筛、超滤、透析等纯化蛋白质样品。
3.样品中可能存在干扰IEF的离子。可用超滤、透析等纯化蛋白质样品降低离子强度(离子浓度要小于10mmol/L);或者用TCA、丙酮沉淀蛋白质,然后用缓冲溶液重新溶解被沉淀的蛋白质(当然弃去TCA、丙酮)。
4.做等电聚焦时离子型去垢剂太多时也会出现横纹,将样品用超滤、透析去掉离子型去垢剂,改用离子型去垢剂替代之。
5.聚焦时间过短使得聚焦不完全。需要适当延长聚焦时间。
6.聚焦时间过长,引起胶内渗水,并且改变了凝胶的内部的电场微环境,使得蛋白质样品再次发生移动,导致横纹。电泳时间不能过长。
7.楼主实验用的水是不是也有问题。应该用超纯水。

上样量应该还可以。

具体可以再讨论。
4楼2013-09-08 23:36:41
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zhangbaocau

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-09-08 23:36:41
显然横纹众多,应该是聚焦不完全。
一般的和普遍的原因与对策:
1.样品没有完全溶解,上样前确保样品完全溶解并且保持稳定。
2.样品中存在干扰IEF的物质存在,改进样品制备方法,可用分子筛、超滤、透析等纯化蛋 ...

我用的是TCA-丙酮法提取的,样品制备还用超滤啊,这么麻烦啊??水应该没问题,是分子用的dd水
5楼2013-09-10 22:17:30
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

超滤失去除杂离子的,不光是浓缩。
6楼2013-09-11 09:15:36
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

超滤是去除离子和小分子的,不光是浓缩。
7楼2013-09-11 09:24:36
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学术茹

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-09-11 09:24:36
超滤是去除离子和小分子的,不光是浓缩。

为双向电泳准备的蛋白样品,看文献介绍都要求透析后冻干 ,这个冻干是为什么呢
8楼2013-09-11 16:28:42
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

冻干一般是为了保存方便,有时也可以对于纯化有些帮助。
9楼2013-09-11 20:58:09
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