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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[求助] cpmd输入文件中原子坐标如何准备?

CELL部分给出格子
ATOM给出给出原子坐标。与输出文件对照,似乎给出的是Bohr单位,而不是比例坐标或者三维直角坐标。

有人提出用MS和VESTA配合输出vasp格式的POSCAR,然后复制进cpmd就可以。但是vesta软件导出的POSCAR.vasp是比例坐标或者三维直角坐标。而不是原子单位坐标。

做cpmd的朋友是怎么做的呢?
cpmd输入文件中原子坐标如何准备?
cpmd坐标.png
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baoyuan6969

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cenwanglai: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢~ 2013-08-22 18:25:02
分数坐标不好使,会提示原子太近报错。用MS建好晶胞导成*.car文件,然后可以从car文件直接copy坐标到cpmd的输入文件。另外,我发现cpmd的输出文件中每步优化后给出的坐标是原子单位,而优化结束生成的xyz文件里的坐标可以直接用的。
凡天下事敢做敢为者为之。
2楼2013-08-22 17:11:29
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


在SYSYRM部分里加 ANGSTROM关键词,则CELL和坐标均为以A为单位。否则默认为原子单位。


ANGSTROM
Section: &SYSTEM
The atomic coordinates and the supercell parameters and several other parameters are read in Ångstroms.
Default is atomic units which are always used internally. Not supported for QMMM calculations.
3楼2013-08-23 10:56:24
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