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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[求助] cpmd输入文件中原子坐标如何准备？

CELL部分给出格子
ATOM给出给出原子坐标。与输出文件对照，似乎给出的是Bohr单位，而不是比例坐标或者三维直角坐标。

有人提出用MS和VESTA配合输出vasp格式的POSCAR，然后复制进cpmd就可以。但是vesta软件导出的POSCAR.vasp是比例坐标或者三维直角坐标。而不是原子单位坐标。

做cpmd的朋友是怎么做的呢？
cpmd输入文件中原子坐标如何准备？
cpmd坐标.png
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1楼 2013-08-22 16:00:49
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baoyuan6969

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢~ 2013-08-22 18:25:02
分数坐标不好使，会提示原子太近报错。用MS建好晶胞导成*.car文件，然后可以从car文件直接copy坐标到cpmd的输入文件。另外，我发现cpmd的输出文件中每步优化后给出的坐标是原子单位，而优化结束生成的xyz文件里的坐标可以直接用的。
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凡天下事敢做敢为者为之。
2楼2013-08-22 17:11:29
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
在SYSYRM部分里加 ANGSTROM关键词，则CELL和坐标均为以A为单位。否则默认为原子单位。


ANGSTROM
Section: &SYSTEM
The atomic coordinates and the supercell parameters and several other parameters are read in Ångstroms.
Default is atomic units which are always used internally. Not supported for QMMM calculations.
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3楼2013-08-23 10:56:24
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