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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 怎样从晶体CIF文件中找到非氢原子的坐标（x,y,z)和热参数U
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elwew

木虫 (正式写手)

[求助] 怎样从晶体CIF文件中找到非氢原子的坐标（x,y,z)和热参数U

怎样从晶体CIF文件中找到非氢原子的坐标（x,y,z)和热参数U，以及非氢原子的键长和键角？
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1楼 2012-04-06 20:04:30
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

Alchemist

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
drg1984: 金币+1, 感谢热心帮助！ 2012-04-07 10:53:06
elwew: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-04-07 15:34:48
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_occupancy
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_Wyckoff_symbol
_atom_site_attached_hydrogens
_atom_site_calc_flag
_atom_site_thermal_displace_type
_atom_site_u_iso_or_equiv
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elwew
2楼2012-04-07 10:41:20
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elwew

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by yunruirui at 2012-04-07 10:41:20:
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_occupancy
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_Wyckoff_symbol
_atom ...

loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_calc_flag
_atom_site_refinement_flags
_atom_site_disorder_assembly
_atom_site_disorder_group
Cl Cl 1.13533(10) 0.45920(12) 0.36611(11) 0.1065(5) Uani 1 1 d . . .
O1 O 0.60423(18) 0.9739(2) 0.7397(2) 0.0704(8) Uani 1 1 d . . .
C1 C 0.4812(3) 0.8713(3) 0.8122(3) 0.0540(10) Uani 1 1 d . . .
我的CIF是这样的，是不是前面的四个数据就是X,Y,Z，和热参数U啊？那非氢原子的键长和键角呢？
我的CIF里没有_atom_site_Wyckoff_symbol
_atom_site_attached_hydrogens
_atom_site_calc_flag
_atom_site_thermal_displace_type
_atom_site_u_iso_or_equiv

请指教，谢谢
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3楼2012-04-07 15:34:32
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sdujjt

木虫 (正式写手)
★
huangjr: 金币+1, 感谢交流~ 2012-04-08 12:27:11
坐标应该是3组数据，U值在其后面，仔细找找。
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生命像一条大河
4楼2012-04-07 15:55:04
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elwew

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sdujjt at 2012-04-07 15:55:04:
坐标应该是3组数据，U值在其后面，仔细找找。

找不到啊，很仔细找了，我在写文章，您再说详细点
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5楼2012-04-07 16:22:30
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sdujjt

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huangjr: 金币+1, 感谢应助~ 2012-04-08 12:27:22
elwew: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-04-08 15:54:51
你没有res文件？那里很清晰啊
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elwew
生命像一条大河
6楼2012-04-08 10:27:45
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elwew

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by sdujjt at 2012-04-08 10:27:45:
你没有res文件？那里很清晰啊

有啊，但是一堆数据罗列在那里，分不清楚哪些是，再说清楚点
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7楼2012-04-08 11:02:52
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sdujjt

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by elwew at 2012-04-08 11:02:52:
有啊，但是一堆数据罗列在那里，分不清楚哪些是，再说清楚点

Cd1    5   0.374120  0.372341  0.115921 11.000000  0.058620  0.054210 =   0.036700 -0.002430 -0.001220 -0.000430
5，是序列数，接下来三个是坐标，11是占有率，后面是热震动，在后面是各向异性的参数，意义我也不知道
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elwew
生命像一条大河
8楼2012-04-08 15:10:36
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elwew

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by sdujjt at 2012-04-08 15:10:36:
Cd1    5   0.374120  0.372341  0.115921 11.000000  0.058620  0.054210 =   0.036700 -0.002430 -0.001220 -0.000430
5，是序列数，接下来三个是坐标，11是占有率，后面是热震动，在后面是各向异性的参数，意 ...

谢谢，必须应助贴才能给你分
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9楼2012-04-08 15:54:37
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