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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 【求助】求教对CIF文件中2个A类错误的解释
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enihc

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求教对CIF文件中2个A类错误的解释已有4人参与

我的CIF文件有两个A类错误，问了一个解晶体结构的老师，他说这是由于在做吸收校正时没有考虑晶体形貌而产生的（测试晶体尺寸为0.50mm*0.12mm*0.02mm），是这样的吗？

Alert level A
SHFSU01_ALERT_2_A  The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20
            Absolute value of the parameter shift to su ratio given   5.305
            Additional refinement cycles may be required.
Author Response: The mophorlogy of single crystal was not considered during empirical \ absorption correction.  

PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................       5.30      
Author Response: The mophorlogy of single crystal was not considered during empirical \ absorption correction.  

GOOF值和R因子如下。 如果我想使用这个CIF，我该如何在CIF中解释上面这两个A类错误呢？（给出的Response是我拟写的内容）请各位老师和高手指点迷津！谢谢大家！

_refine_ls_R_factor_all           0.0314
_refine_ls_wR_factor_ref          0.0786
_refine_ls_goodness_of_fit_ref    1.044


另外，还有7个C类错误和10个G类错误，需要怎么处理它们呢？我可以不管C和G么？

Alert level C
PLAT029_ALERT_3_C _diffrn_measured_fraction_theta_full Low .......       0.97      
PLAT232_ALERT_2_C Hirshfeld Test Diff (M-X)  Al2    --  N5      ..       5.67 su   
PLAT324_ALERT_2_C Check for Possibly Missing H on Coordinating....         N3     
PLAT041_ALERT_1_C Calc. and Reported SumFormula    Strings  Differ          ?
PLAT045_ALERT_1_C Calculated and Reported Z Differ by ............       0.25 Ratio
PLAT068_ALERT_1_C Reported F000 Differs from Calcd (or Missing)...          ?
PLAT077_ALERT_4_C Unitcell contains non-integer number of atoms ..          ?


Alert level G
FORMU01_ALERT_2_G  There is a discrepancy between the atom counts in the
            _chemical_formula_sum and the formula from the _atom_site* data.
            Atom count from _chemical_formula_sum:Al1.5 N9.5 Nd1 O0.5 Si5.5
            Atom count from the _atom_site data:  Al1.18 N9.6 Nd1.0014 O0.4 Si5.
CELLZ01_ALERT_1_G Difference between formula and atom_site contents detected.
CELLZ01_ALERT_1_G ALERT: Large difference may be due to a
            symmetry error - see SYMMG tests
           From the CIF: _cell_formula_units_Z    4
           From the CIF: _chemical_formula_sum  Al1.5 N9.50 Nd O0.50 Si5.50
           TEST: Compare cell contents of formula and atom_site data

           atom    Z*formula  cif sites diff
           Al         6.00      4.72    1.28
           N         38.00     38.40   -0.40
           Nd         4.00      3.99    0.01
           O          2.00      1.60    0.40
           Si        22.00     23.28   -1.28
PLAT301_ALERT_3_G Note: Main Residue  Disorder ...................      32.00 Perc.
PLAT396_ALERT_2_G Deviating Si-O-Si Angle from 150 Deg for      PLAT199_ALERT_1_G Check the Reported _cell_measurement_temperature        293 K   
PLAT200_ALERT_1_G Check the Reported   _diffrn_ambient_temperature        293 K   
PLAT793_ALERT_4_G The Model has Chirality at Si2     (Verify) ....          S      
PLAT793_ALERT_4_G The Model has Chirality at Si3     (Verify) ....          R      
PLAT811_ALERT_5_G No ADDSYM Analysis: Too Many Excluded Atoms ....          !
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1楼2010-04-22 21:54:24
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zhangxin11

新虫 (小有名气)
★
帝夫(金币+1):谢谢回帖交流 2010-04-23 10:02
enihc(金币+1):谢谢您指点！ 2010-04-23 13:16
结构没有收敛   多修几轮试试  ins中精修轮数改大点
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2楼2010-04-22 22:29:53
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maomao11259

木虫 (小有名气)
★
帝夫(金币+1):谢谢回帖交流 2010-04-23 10:03
同意楼上的，多修几轮收敛。
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3楼2010-04-23 09:19:21
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enihc

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by maomao11259 at 2010-04-23 09:19:21:
同意楼上的，多修几轮收敛。

引用回帖:
Originally posted by zhangxin11 at 2010-04-22 22:29:53:
结构没有收敛   多修几轮试试  ins中精修轮数改大点

谢谢回复，不过结构不是我解的，我无法再进行精修（我是菜鸟）。我想知道是否可以使用这个数据？ 如果能，如何写response？请高人继续指教。
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4楼2010-04-23 10:11:58
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
enihc(金币+2):谢谢老师，还望您多多赐教！ 2010-04-23 13:15
这个是结构没有收敛, 必须再修.
response是通不过的.
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xi2004-emuch@163.com
5楼2010-04-23 10:25:20
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enihc

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2010-04-23 10:25:20:
这个是结构没有收敛, 必须再修.
response是通不过的.

谢谢老师的指点！

可是这样的话，为什么那位老师把没有收敛的结构解析结果发给我呢？(结构解析是花钱请测试的老师解的)  不能用的结果他也可以出？困惑啊~~
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6楼2010-04-23 10:39:14
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by enihc at 2010-04-23 10:39:14:



谢谢老师的指点！

可是这样的话，为什么那位老师把没有收敛的结构解析结果发给我呢？(结构解析是花钱请测试的老师解的)  不能用的结果他也可以出？困惑啊~~

当然该把数据要回来,自己继续精修.
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xi2004-emuch@163.com
7楼2010-04-23 22:57:34
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enihc

木虫 (小有名气)
帝夫:感谢您的回复！ 2010-10-25 22:01:13
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2010-04-23 22:57:34:



当然该把数据要回来,自己继续精修.

xi2004老师，您好！我这个帖发帖到现在已经半年过去了。
这个数据之前没有回来自己精修（因为不会），后来先投稿了，经过4个月的审稿，审稿人的确提出这个问题需要再精修。我找一个懂得些精修的同学帮忙，得到了一个没有A/B类错误的CIF，但是仍没有解决审稿人提出的另外3个小问题。问题虽小，但是我这方面知识很欠，还想请您帮忙看看，审稿人的问题和精修后的CIF包--我会在稍后通过邮件发给您的163邮箱。
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8楼2010-10-25 20:24:02
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flyfeier1985

木虫 (职业作家)

暖~~
enihc(金币+2):没法儿了~~被你打劫-_- 2010-11-24 14:21:41
给偶点吧~~
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凹凸~~
9楼2010-11-24 14:17:46
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