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yangjianchen

铜虫 (小有名气)

[求助] 亚细胞定位。。。

请问在构建亚细胞定位载体时,要通过PCR扩增目的基因终止密码子之前的序列用于构建融合蛋白,我有两个问题想请教:
1,ATG(起始密码子)之前的一些序列(约几十bp)连到载体上对结果有没有影响?
2,若终止密码子前的序列GC含量高,二级结构有些复杂,设计引物扩增存在一定的困难,可否有其他解决途径去获得用于够载体的序列?
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yangjianchen

铜虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by Sthunder at 2013-08-19 22:05:14
关于问题1,如果你使用载体本身ATG的话就可能有问题,因为你做定位,N端可能存在信号肽,你加入ATG前面序列,而你载体本身也有ATG就麻烦了,同时你也要考虑载体ATG与你基因ATG直接的序列。
问题2, 你所谓的GC有多 ...

谢谢啊,确实高GC未必不能扩增,只是可能难度有点高吧!还是决定尝试一下。
4楼2013-08-20 11:18:52
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yimingwang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-08-20 11:31:43
yangjianchen: 金币+3, ★有帮助 2013-08-20 16:13:09
不知道你reporter放在N 还是C端。放在N端那么1就有问题,放在C端1就没有问题。
如果放在reporter放在N端,PCR primer 可以设提到终止密码子以后,不影响定位和表达。如果放在C端,直接设计,PCR的时候加DMSO,看是否可行。
Let'sdoit.
2楼2013-08-19 21:49:32
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Sthunder

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-08-20 11:31:51
yangjianchen: 金币+5, ★有帮助 2013-08-20 16:13:24
关于问题1,如果你使用载体本身ATG的话就可能有问题,因为你做定位,N端可能存在信号肽,你加入ATG前面序列,而你载体本身也有ATG就麻烦了,同时你也要考虑载体ATG与你基因ATG直接的序列。
问题2, 你所谓的GC有多高?我用过近80%的GC引物,都没有问题。Good luck!

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

互助互励,共奋共进!!
3楼2013-08-19 22:05:14
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yangjianchen

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yimingwang at 2013-08-19 21:49:32
不知道你reporter放在N 还是C端。放在N端那么1就有问题,放在C端1就没有问题。
如果放在reporter放在N端,PCR primer 可以设提到终止密码子以后,不影响定位和表达。如果放在C端,直接设计,PCR的时候加DMSO,看是 ...

reporter放在C端。谢谢啊!另外想请教如果reporter放在C端的话,表达蛋白完整编码框(已去除end codon的情况下)与reporter之前有一些序列(3的倍数个碱基)对表达是否有影响?影响如何?
5楼2013-08-20 11:21:47
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