应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 小分子转化为周期模型
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
141/1返回列表
查看: 1444  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zlin610

金虫 (初入文坛)

[交流] 小分子转化为周期模型

最近在用castep做表面吸附，我想知道计算乙醛，氢气，乙醇等等这些小分子在金表面的吸附时，castep只能计算周期性模型，如何把乙醛，氢气，乙醇等等这些小分子转化为周期性模型来计算呢？请各位帮帮忙！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-07-22 11:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fshadow

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zlin610: 金币+2, 恩恩，明白了。谢谢您！ 2013-07-23 15:59:44
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:04:59
引用回帖:
12楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-23 12:00:52
我先是build -crystal，就出来一个立方盒子，再把画好的分子复制粘贴到盒子里，就8个顶点都有小分子啦，但是Make P1一直是灰色的，不能用呢。...

可能是我没表述清楚。。。做表面吸附先要分别优化你的催化剂模型和吸附分子模型。吸附分子模型优化就是新建一个文件，然后在里面构建吸附分子模型，具体就是可以建一个3维盒子，把吸附分子放于其定点，然后做castep构型优化（注意取消优化晶胞选项）。分子构型优化完以后，就可以把优化好的分子构型再放到催化剂表面（金属表面之前需要做一下弛豫）。不知道这样有没有说清楚。。。
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2013-07-23 12:07:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

lq6865387

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:05:10
CASTEP帮助文件中有实例的  可以去学学   放到晶体上面 就可以吧
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-22 12:33:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fshadow

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:05:17
自己构建一个立方盒子，然后把你的分子放到盒子的一个顶点处，就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了，分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。
赞一下 回复此楼
3楼2013-07-22 14:20:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lq6865387 at 2013-07-22 12:33:00
CASTEP帮助文件中有实例的  可以去学学   放到晶体上面 就可以吧

我要做的是表面吸附，要算吸附分子，金属表面及吸附体系，如何用castep算那些小分子，那些小分子本来不具有周期性呀？你说的castep中的例子，就是CO分子在Pd（110）表面的吸附吗？但是CO分子很小呀，我想算大点的分子，乙醛呀，丁烯醛之类的，怎么得到那些参数呢？
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-22 14:39:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fshadow at 2013-07-22 14:20:13
自己构建一个立方盒子，然后把你的分子放到盒子的一个顶点处，就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了，分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。

首先谢谢你哈！可以说的再具体点吗，怎么把分子放到盒子里头呢?
赞一下 回复此楼
5楼2013-07-22 14:41:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fshadow at 2013-07-22 14:20:13
自己构建一个立方盒子，然后把你的分子放到盒子的一个顶点处，就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了，分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。

还有个问题，能不能用Dmol3来优化小分子，用castep来优化金属表面和吸附体系？
赞一下 回复此楼
6楼2013-07-22 14:45:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fshadow at 2013-07-22 14:20:13
自己构建一个立方盒子，然后把你的分子放到盒子的一个顶点处，就可以做分子本身的优化了。一般盒子的尺寸10A就够了，分子太大的话可以加大盒子边长。
我之前是这么做的。。。

我一把分子放上去，8个顶点都加了，一删，8个顶点的分子没了，怎么只放一个呢？
赞一下 回复此楼
8楼2013-07-22 15:15:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fshadow

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+1, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:05:35
引用回帖:
8楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-22 15:15:36
我一把分子放上去，8个顶点都加了，一删，8个顶点的分子没了，怎么只放一个呢？...

对啊，就是8其他顶点会一起有的，因为这就是周期性结构了啊。
赞一下 回复此楼
9楼2013-07-22 20:24:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fshadow at 2013-07-22 20:24:27
对啊，就是8其他顶点会一起有的，因为这就是周期性结构了啊。...

但是我只想放一个分子在金属表面，怎么办呢？
赞一下 回复此楼
10楼2013-07-23 09:49:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lq6865387

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:05:45
引用回帖:
10楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-23 09:49:44
但是我只想放一个分子在金属表面，怎么办呢？...

首先 把对称型变成 make P1  之后就可以了
赞一下 回复此楼
11楼2013-07-23 10:01:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlin610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by lq6865387 at 2013-07-23 10:01:52
首先 把对称型变成 make P1  之后就可以了...

我先是build -crystal，就出来一个立方盒子，再把画好的分子复制粘贴到盒子里，就8个顶点都有小分子啦，但是Make P1一直是灰色的，不能用呢。
赞一下 回复此楼
12楼2013-07-23 12:00:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangjl712

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 14:06:02
引用回帖:
5楼: Originally posted by zlin610 at 2013-07-22 14:41:29
首先谢谢你哈！可以说的再具体点吗，怎么把分子放到盒子里头呢?...

将分子选中，按住shift，并向下按鼠标滚轮，移动鼠标就可以，而且工具里也有移动的图标啊
赞一下 回复此楼
14楼2013-07-28 20:54:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
微暗的小火苗7楼
2013-07-22 14:55   回复  
相关版块跳转 我要订阅楼主 zlin610 的主题更新
141/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 327求调剂 +3 小卡不卡. 2026-03-29 3/150 2026-03-29 22:29 by 无际的草原
[考研] 调剂310 +12 温柔的晚安 2026-03-25 13/650 2026-03-29 20:01 by 无际的草原
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工（085600）296求调剂 +17 稻妻小编 2026-03-26 17/850 2026-03-29 19:07 by 学员8dgXkO
[考研] 334分 一志愿武理 材料求调剂 +7 李李不服输 2026-03-26 7/350 2026-03-29 16:25 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿双一流机械285分求调剂 +4 幸运的三木 2026-03-29 5/250 2026-03-29 14:49 by Miko19
[考研] 340求调剂 +6 Amber00 2026-03-26 6/300 2026-03-29 12:06 by 无际的草原
[考研] 352分-085602-一志愿985 +5 海纳百川Ly 2026-03-29 5/250 2026-03-29 09:57 by Sjndkwm
[考研] 085600，专业课化工原理，321分求调剂 +5 大馋小子 2026-03-28 5/250 2026-03-29 08:56 by qingfeng258
[考研] 11408软件工程求调剂 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 21:50 by zhq0425
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +7 1428151015 2026-03-27 7/350 2026-03-28 19:58 by S240
[考研] 0703化学求调剂，各位老师看看我！！！ +5 祁祺祺 2026-03-25 5/250 2026-03-27 21:44 by 东方猪猪
[考研] 343求调剂 +4 赠我一本书 2026-03-23 4/200 2026-03-27 00:40 by wxiongid
[考研] 一志愿河工大 081700 276求调剂 +4 地球绕着太阳转 2026-03-23 4/200 2026-03-26 14:27 by zzll406
[考研] 303求调剂 +6 蓝山月 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:47 by 418490947
[考研] 07化学303求调剂 +5 睿08 2026-03-25 5/250 2026-03-25 22:46 by 418490947
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
[考研] 求调剂 +3 李李不服输 2026-03-25 3/150 2026-03-25 13:03 by cmz0325
[有机交流] 有机合成求助 20+3 FENGSHUJEI 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:31 by 88817753
[论文投稿] 急发核心期刊论文 +3 贤达问津 2026-03-23 5/250 2026-03-23 17:13 by 妹子不好惹
[考研] 328求调剂 +4 LHHL66 2026-03-23 4/200 2026-03-23 14:55 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭